تاريخ اسلام در آينه پژوهش

 
مقدّمه
اقليت مسيحي در ايران و اقدامات تبليغي آنها و از طرفي، نگرش و روية دولتمردان ايراني در قبل و پس از اسلام با آنها از موضوعاتي است كه در اين نوشتار به آنها پرداخته مي‌شود. به طور كلي از زمان ظهور مسيحيت و شروع اقدامات تبليغي آنها در سرزمين‌هاي مختلف، به ويژه در ايران، حكومت‌ها و سلسله‌هاي زيادي بر سرزمين ايران حكومت رانده‌اند كه طبيعي است بررسي تعامل و نگرش آنها درباره وجود اقليت مسيحي، مجالي بيشتر مي‌طلبد. بر اين اساس، موضوع اين نوشتار دولت‌ها يا حكومت‌هايي است كه حيطه سلطه‌شان بر تمام سرزمين ايرانِ متعارف را شامل مي‌شد، چرا كه در تاريخ ايران حكومت‌هاي ملوك‌الطوايفي نيز بود. كه بر بخش يا بخش‌هايي از اين سرزمين سيطره داشتند. همچنين حضور مبشران مسيحيت در قلمرو ايران در اين دوره‌ها اهميت خاصي دارد و به همين علت كتاب‌هاي تاريخي صفحاتي را به اين موضوع اختصاص داده‌اند.
مسيحيت در ايران قبل از اسلام
سلسله اشكاني،‌ نخستين تقابل با مسيحيت
نخستين رويارويي ايرانيان با دين مسيح و جماعت‌هاي مسيحي به ابتداي ظهور مسيحت بازمي‌گردد. حضرت عيسي مقارن سلطنت فرهاد پنجم، پادشاه اشكاني، در فلسطين (بيت لحم) متولد شد.  همان‌گونه كه در انجيل  آمده است هنگام ولادت عيسي گروهي از روحانيون مجوس (ايراني) به راهنمايي ستاره‌اي (براساس داده‌هاي علم ستاره‌شناسي)، براي پرستش عيسي يا پادشاه يهود به اورشليم رفتند. اين مجوسان در بيت‌لحم، حضرت‌مريم و عيسي را يافتند و پس از پيشكش هدايا، به سرزمين خويش بازگشتند .  تصوير اين سه تن ايراني در کليساي سنت آپولون در شهر نوورننه  در ايتاليا وجود دارد که مسيحيان به آن احترام مي‌كنند  عده‌اي براين باورند که اين سه تن، از اهالي آوه يا ساوه بوده‌اند.  در هر حال، اين گزارش گوياي آن است كه سفر اين هيئت روحاني ايراني به زادگاه مسيح مقارن تولد ايشان بوده و طبعاً آشنايي ايرانيان با آيين مسيح كم و بيش به اوايل قرن اول ميلادي باز مي‌گردد.
همچنين در زمان حيات حضرت مسيح حواريون او طبق خواست و دستور مرشد بزرگ خويش به اطراف و اكناف دنياي آن روز سفر كرده تا به سفارش استاد خود به «شاگردي امت‌ها» كمر همت بسته و ملت‌ها را با آيين حضرت مسيح آشنا سازند. نخستين حواري كه به ايران و ارمنستان روآورد، تاده‌وس (طاطاوس)  بود كه به نواحي كاپادوكيه، واقع در آسياي صغير رفت و مردم را به پيروي از كيش نوظهور حضرت مسيح دعوت كرد. آن‌گاه به ارمنستان رفت و مدت‌ها در آنجا آيين مسيحيت را تبليغ كرد تا اينكه سرانجام در حوالي شهر ماكو به شهادت رسيد. 
بعد از او حواري ديگري از حواريون دوازده‌گانه به نام بارتوقيمئوس  براي تبليغ مسيحيت به شمال ايران و ارمنستان سفر كرد تا اينكه او هم به سرنوشت سلف خويش دچار شد و به شهادت رسيد. 
همچنين در اعمال رسولان مي‌خوانيم كه پس از مصلوب شدن عيسي در روز پنطيكاست (پنجاه روز بعد از عيد فصح) «پارتيان و ماديان و عيلاميان و ساكنان جزيره» در اورشليم حاضر بودند و هريك موعظه رسولان را به زبان خود شنيدند.  پارتيان در خراسان و ماديان در كردستان سکونت داشتند. مقصود از عيلام، خوزستان امروزي و منظور از جزيره هم بين‌النهرين است.  مورخاني نيز بر اين عقيده‌اند که دو نفر از رسولان مسيح، يعني شمعون و يهودا  براي بشارت کلام به ايران آمدند. يهودا (که توماس هم خوانده شده) انجيل را در ميان پارت‌ها، مادها، پارس‌ها و نواحي شرقي و مرکزي هند تبليغ کرد. مورخان بعدي گفته‌اند كه فردي مسيحي از اهل فلسطين به نام ادّاي  در اواخر قرن اول ميلادي به اِدِسّا  و آربِل،  واقع در شمال بين‌النهرين رفته و در آن نواحي به انتشار مسيحيت پرداخته است. ميلر نيز در اين باره مي‌نويسد:
از سال 150ق‌م تا 226م مملكت ايران تحت تسلط پارت‌ها بود. در اواخر اين دوران اغلب مردم گرفتار بت‌پرستي گرديده، درختان مقدس، تصوير خورشيد، ماه و حتي اجداد خود را نيز پرستش مي‌كردند. دولت ايران نيز مانند امپراطوري روم از دين خود راضي نبود. عقايد زردشتي اكثراً از ميان رفته و زمينه براي ورود دين تازه آماده شده بود. در همين زمان بود كه مسيحيت در ايران ظاهر گرديد. سلاطين پارت [اشکاني] با مبشران مسيحي نه ضديت مي‌نمودند و نه به ايشان جفا مي‌رساندند، بلكه مسيحيان را آزادي زيادي بخشيدند و بدين طور باعث شدند مسيحيت به سرعت گسترش پيدا كند. 
البته حکمت در تاريخ اديان، خود نظري مخالف با ميلر در اين‌باره داده است او علل رشد مسيحيت در ايران و تبليغ مبلغان آن را در فقدان مركزيت سياسي دولت اشكاني، رشد و تكامل فكري مردم و عدم قبول «توتميزم» و «آنميزم» و همچنين پناهنده شدن صدها عيسوي به ايران به علت نكال و عقاب امپراتوري روم مي‌داند. 
به گواهي تاريخ، شاهنشاهان هخامنشي قبل از ظهور مسيحيت به مذهب‌هاي بيگانه با نظر اغماض و تساهل مي‌نگريستند و جنگ‌هاي مذهبي در اين دوره نبود. رفتار كوروش و ديگر شاهان هخامنشي با يهود و تجديدبناي معبد آنان در اورشليم، از جمله نمونه‌هاي آزادي مذهب و دين و عقيده در ايران زمين است.  شاهان اشكاني نيز همان نظر اغماضي را كه از خصايص آريايي بود، اعمال مي‌كردند و تسامح به اندازه‌اي بود كه از نفوذ مذهب‌هاي بيگانه به ايران جلوگيري نمي‌شد، چراكه در اين دوره به علت وجود «مجلس مَهستان» نوعي حكومت انتخابي و دموكراسي برقرار بود. 
بنابر اين، مي‌توان گفت ترويج مسيحيت در ايران از دورة سلطنت پارت‌ها (اشكانيان) آغاز شد و تسامح پادشاهان اين سلسله (250ق‌م - 226م) با فرستادگان و مبلغان مسيحي، زمينه ورود مسيحيت را به ايران فراهم كرد، به طوري كه در سال 225م در بين‌النهرين و نواحي ديگر ايران بالغ بر بيست حوزه اسقفي وجود داشت. 
ساسانيان و مسيحيت
در زمان ظهور ساسانيان(226م) عيسويان مركز تبليغي مهمي در الرّها (اورفه کنوني) داشتند. دولت ايران در جنگ‌هاي بزرگ با دولت روم، آنها را در نواحي دوردست كشور ايران مسكن داد.  پادشاهان ايران در لشگركشي‌هاي خود به سوريه گاهي تمام سكنه يك شهر يا يك ناحيه را كوچ داده، در يكي از نقاط داخلي كشور مقيم مي‌كردند. از آنجا كه بيشتر اين مهاجران عيسوي مذهب بودند، ديانت مسيح در هر گوشه‌اي از ايران اندكي رواج يافت.  شاهان ساساني ابتدا از حضور عيسوي‌ها در خاك ايران، احساس خطر نمي‌كردند، فقط در زمان شاپور دوم (379-309م) با امپراتور روم، كنستانتين كه مذهب عيسوي اختيار كرده بود، درگيري داشت، سياست ايران درباره عيسوي‌ها تغيير كرد، زيرا چون دولت ايران آنها را دوستان باطني روم مي‌دانست و طبعاً به اتباع نصراني خود بدگمان شده و تصميم گرفت آنان را به كلي نابود سازد تا در داخل ايران طرف‌داراني براي قيصر روم باقي نماند، از اين‌رو، بر قتل‌عام ترسايان همت گماشت. 
بنابر اين، شاپور فرمان داد كه «شمعون» جاثليق مدائن و سراسر عيسويان ايران را از دم شمشير بگذرانند. بديهي است مغان و موبدان زردشتي شاه را بر اجراي اين نيت دائماً تشويق مي‌كردند و ترساها را خائن و هواخواه دشمن بيگانه جلوه مي‌دادند. اين قتل‌عام به مدت چهل سال ادامه داشت و طي آن فجايع خونيني به وقوع پيوست به طوري‌كه تنها در مدائن يك‌بار شانزده هزار تن مسيحي را از دم تيغ گذراندند. اين قتل‌عام فجيع و طولاني تا سال 379م پيوسته ادامه داشت تا آنكه در آن وقت شاپور درگذشت و آن خون‌ريزي متوقف شد. 
پس از شاپور دوم، اردشير دوم(379-383م) به سلطنت رسيد او نيز به عيسويان محبتي نداشت، اما شاپور سوم (۳۸۳-۳۸۸م) و وهرام چهارم (۳۸۸-۳۹۹م) كه بعد از او پادشاهي يافتند، سياست مودت‌آميزي با امپراتور پيش كشيدند.  يزدگرد اول (399-421م) نيز به سبب دشمني با مغان و موبدان با مسيحيان رأفت و مهرباني پيشه كرد و در نتيجه به سال 409م پادشاه فرمان آزادي عيسويان را در كشور خود صادر نمود. پس مسيحيان بار ديگر براي تنظيم امر كليساي آشفته خود شورايي در مدائن تشكيل داده و خرابي‌ها را آباد و معابد ويران را ترميم كردند  و به همين علت نزد روحانيون زردشتي به «گنهكار» معروف شد. 
ولي بعدها به دليل اينكه در شهر «هرمزاردشير» واقع در خوزستان يك نفر روحاني مسيحي به نام هاشو  با رضايت رسمي يا ضمني اسقفي موسوم به «عبدا» آتشكده زردشتيان را ويران كرده بود، بر سخت‌گيري‌ها افزود و آن روحاني و اسقف و بسياري از اشخاص ديگر كه در اين قضيه دخالت داشتند، دستگير و به تيسفون فرستاده شدند. پس شاه به «عبدا» فرمان داد كه آتشكده‌ها را مجدداً بنا كنند و چون او امتناع كرد، محكوم و اعدام شد. 
در زمان بهرام گور (420-422م) مسيحيان ايراني به سبب آزار مغ‌ها به بيزانس فرار كردند، اما بهرام خواست آنها را برگرداند كه امپراطور بيزانس موافقت نكرد، از اين‌رو، جنگي بي‌نتيجه درگرفت. سرانجام بين آنها عهدنامه‌اي صد ساله منعقد شد كه آزادي مذهب عيسويان در ايران و مذهب زردشتي در رم، از مفاد عهدنامه بود. 
در زمان يزدگرد دوم (438-459م) همان سختي‌ها ادامه داشت و يزدگرد دستور داد كه ارمنيان ارمنستان بايد از آيين مزديسنا پيروي كنند، اما مردم آن كشور نافرماني كرده و سر به شورش برداشتند.  «در چنين شرايطي به ارمنستان هجوم برد و شورشيان را مغلوب كرد و براي سركوب كردن ملت، نمايندگان خاندان‌هاي بزرگ و روساي روحاني ايشان را با خود به ايران آورد. 
در دوره پادشاهي فيروز(459-484م) سكوباي نصيبين (اسقف نصيبين) كه مردي فعال و كارآمد موسوم به «بارسيما» بود، طرف مهر و محبت شاه قرار گرفت و او نيز عقيده نسطوريان را به منظور انفصال كامل مسيحيان ايران از روم ترويج و تقويت كرد و شاه با قوه قاهره از او پشتيباني نمود، به همين سبب كليساي آنها قدرت و شهرت بسيار يافت. 
در زمان سلطنت ولاش(484-488م) به علت اينكه وي ظاهراً مردي نيك‌نهاد و خوش‌نيت بود، با مسيحيان نيز برخورد خوبي داشت. در عصر او بود كه مذهب نسطوري، مذهب قطعي و منحصر عيسويان ايران شد. 
اندكي بعد قباد (487-531م) و پس از او فرزندش انوشيروان (531-579م) پياپي بر تخت سلطنت نشستند.  در اين زمان به محض شروع جنگ ايران و روم بالطبع مسيحيان مجدداً مورد اتهام و سوء‌ظن واقع شدند، در نتيجه جمعي از اسقف‌هاي ايشان به قتل رسيدند. البته عده زياد پيروان عيسي در اطراف مملكت و قدرت و منزلت اجتماعي آنان در اين دوره، مانع شد كه شاهنشاه مانند اسلاف خود به قتل‌عام آنها مبادرت كند. 
وقتي هرمز چهارم (579-590م) بعد از پدر خود به تخت نشست، مغ‌ها از او خواستند كه مسيحيان را آزار دهد و او با استهزاء پيشنهاد آنها را رد كرده و گفت: رنجاندن مسيحيان و ايجاد زمينه‌هاي دشمني پايه‌هاي حكومت را متزلزل مي‌كند. همچنين به مغ‌ها گفت كه دست از آزار آنها برداريد و كارهاي نيكو كنيد تا آنها كارهاي خوب شما را ديده و به شما بگروند. 
خسرو پرويز (۵۹۱-۶۲۸م)، به علت آنكه روابط خوبي با موريس، امپراتور بيزانس داشت، به نصرانيان آزادي عقيده داد، حتي دو تن از زنان او نيز نصراني بودند. با اين حال، او هم در سال 614م در نتيجه جنگ با روم، نصرانيان يعقوبي را اسير گرفته، به ولايات شرقي ايران و خراسان و سيستان فرستاد. همچنين پس از حمله هراكليوس به ايران، خسرو بر نصرانيان سخت‌گيري كرد و كشتارها و شكنجه‌ها مجدداً آغاز شد. 
بر اساس آنچه گذشت، مسيحيت مي‌توان گفت كه در عهد ساساني در ايران روبه‌رو حضور چشمگير و فعالي داشته، و توانست موجوديت و جايگاه خويش را حفظ نمايد.
اگر چه مسيحيان ايران در برخي دوره‌ها با آزار دولت ايران مي‌شدند؛ اما ظاهراً فشار عمدتاً متوجه علماي مسيحي بوده است. البته در موارد اندکي نيز گزارش شده که عموم مسيحيان در معرض زجر و قتل‌عام قرار گرفته يا مجبور به ارتداد شدند. 
مسيحيت در ايران دورة اسلامي
1. دورة حاکميت خلافت اسلامي 
پس از ورود اسلام به ايران (651م) پيروان حضرت مسيح همچنان به حيات خويش ادامه دادند. اگر چه با ورود اسلام به ايران وضعيت پيروان بسياري از آيين‌هاي مختلف اين سرزمين، مانند زردشتيان، دچار تغييرات و تحولات عمده‌اي شد، اما اين مسئله براي مسيحيان ساكن ايران چندان تأثيري نداشت، چون آنها در جنگ با اعراب دخالت نكرده و حتي هجوم اعراب به زردشتيان را تنبيهي از طرف خداوند قلمداد مي‌كردند، از اين‌رو، اعراب هم پس از پيروزي با آنها رفتاري مسالمت‌آميز داشتند. 
با توجه به روحية مداراجويانه اسلام، بخصوص با اهل کتاب، از زمان رسول‌خدا با اهل كتاب (مسيحيان، يهوديان، صابئان و مجوس/ زرتشتيان) مصالحه و از آنها جزيه گرفته مي‌شد. رسول‌خدا با فرماندار ايله در غزوه تبوك و با اهالي اذرح و همچنين با اكيدر، حاكم دومه الجندل در شام، پس از دريافت مبلغي از ايشان صلح كردند.  در مورد مسيحيان نجران در جنوب عربستان نيز در جريان مباهله، سرانجام ماجرا به پرداخت جزيه انجاميد.  اما پس از رحلت رسول‌خدا در دوره خلافت اسلامي، روابط با اهل كتاب، از جمله مسيحيان، همراه با فراز و فرود بود؛ چنان‌كه عمر‌بن خطاب سخت‌گيري‌هايي چند بر ايشان روا داشت. 
مسيحيان در دوره بني‌اميه سختي چنداني نمي‌ديدند و تا زماني كه جزيه و خراج خود را مي‌پرداخته و اختلالي در نظم عمومي ايجاد نمي‌كردند، آزاد بودند تا به امور جامعه خود بپردازند و به آيين‌هاي ديني خود مشغول باشند. 
با روي كار آمدن عباسيان، به ويژه در دوران مأمون، (198-218ق) مسيحيان ايران بيشترين ميزان نفوذ را در دستگاه خلافت داشتند. مقر جاثليق در 158ق/775م از سلوكيه (تيسفون) به بغداد منتقل شده و ارتباط نزديك‌تري با مقر خلافت برقرار كرد. در همين زمان، جرجيس‌بن بختيشوع كه از دانشگاه جندي‌شاپور فراخوانده شده بود، به عنوان پزشك مخصوص خليفه منصور (136-158ق) برگزيده شد و اين سمت تا شش نسل در خاندان وي باقي ماند. همچنين نفوذ تيموتاوس، روحاني مسيحي در زمان خلافت هارون‌الرشيد (170- 193ق) و پدرش مهدي (158- 169ق) در اين زمان قابل توجه است. وي با استفاده از اين موقعيت، كليساي سرياني را بين سال‌هاي 162-206ق/780-823م هدايت كرد و به اوج ترقي خويش رساند. 
علاوه بر اين با تأسيس بيت‌الحكمه بغداد توسط مأمون در 218ق/833م و رياست حنين‌بن اسحاق مسيحي بر آن، مسيحيان آثار فلسفي، پزشكي و علمي يوناني را ترجمه كرده و علوم و فرهنگ يوناني را به عالم اسلامي انتقال دادند.  در اين دوره، تبادل و تقابل با اديان ديگر، به ويژه مسيحيت شديدتر شد. مأمون شخصاً به بحث و سؤال‌هاي عقيدتي و ديني علاقمند بود و در بحث‌ها و جلساتي كه با حضور نمايندگان اديان ديگر برگزار مي‌شد، شرکت مي‌کرد. 
رويكرد متوكل عباسي (233-247ق) دربارة غيرمسلمانان سخت‌گيرانه بود. او طي دستورالعملي اموري چند بر مسيحيان و ساير اهل ذمه واجب كرد كه در بلاد اسلامي اجرا مي‌شد، مانند پوشيدن عباهاي عسلي رنگ، نشستن بر زين‌هاي چوبي و بلند نبودن سنگ قبرشان از سطح زمين.  البته اين‌گونه محدوديت‌ها غالباً موقتي و به شهرهاي بزرگ منحصر بود و تكرار صدور آن فرمان‌ها طي چند سده، خود بر عدم اجراي هميشگي آنها دلالت مي‌كند.  علاوه بر اين، اين فرمان‌ها به هيچ وجه مانع حضور مسيحيان در ميادين مختلف كار و تلاش فرهنگي و اجتماعي نبوده است. نمونه‌هاي حضور پررنگ مسيحيان را مي‌توان در ديرهاي مسيحي، به ويژه در مركز خلافت عباسيان، يعني بغداد مشاهده كرد. 
در دوران معتضد عباسي(279-289ق) نيز از ذميان در امور اداري استفاده مي‌شد. در سال 281ق كه معتضد به سمت استان جبال ايران و ناحيه دينور رفت، مخارج سپاه و املاك ري را به حسين‌بن عمرو نصراني سپرد. همچنين وي دبير مكتفي نيز بود. 
حكمرانان آل‌بويه نيز در داخل ايران سياست مسالمت‌آميزي با مسيحيان و اقليت‌هاي ديني ديگر داشتند. عمادالدوله (332-338ق) مسيحيان را در دستگاه اداري خود به كار گماشته، همچنان‌كه عضدالدوله (م372ق) در اوج قدرت خود نصر‌بن هارون مسيحي را به سمت وزارت برگزيده بود. همچنين عضدالدوله به وي اجازه داد تا ديرها و كليساها را تعمير كرده، با استفاده از اموال دولتي به امور نيازمندان مسيحي رسيدگي كند. 
هجوم مسلمانان به ايران باعث مهاجرت برخي از مسيحيان به مشرق ايران شد و در نتيجه، به گسترش مسيحيت در اين خطه انجاميد. الياس، اسقف اعظم مرو به تركستان رفت و پادشاه آنجا را با لشكريانش غسل تعميد داد و مسيحي كرد. با فرستادن مبلغاني از طرف تيموتاوس، كاتاليكوس مسيحي مقيم بغداد، بسياري از افراد مسيحي شدند. 
در اينجا بايد اشاره گذرايي به نگرش سلجوقيان (429-590ق) دربارة مسيحيان داشته باشيم. اگرچه در اين دوران دشواري‌هايي براي مسيحيان به سبب تعصب سلاجقه در سني‌گري، به وجود آمد، اما از سوي ديگر، بر اثر درگيري‌هايي كه اينان با امپراتوري بيزانس داشتند و نيز به سبب وجود ايرانيان فرهيخته‌اي، همچون خواجه نظام‌الملك در امور كشورداري، مسيحيان چندان در تنگنا و سختي نبودند. 
2. دوره حکومت‌هاي ايران
مسيحيت و ايلخانان مغول 
با تأسيس حكومت ايلخاني در ايران، تحولات مهمي در سياست جهان مسيحي ايجاد شد كه تا آن زمان بي‌سابقه بود. تا آن زمان مسيحيان شرق، چون گرجي‌ها و ارامنه و ساكنان روم شرقي، از چهار جهت در محاصره جهان اسلام بودند و هيچ‌گونه مجال توسعه و جولاني نداشتند، ولي اينك همه چيز دگرگون شده بود، چراكه حكومت مسلمان و توسعه‌طلب خوارزمشاهي، جاي خود را به دستگاه نيمه‌بودايي ـ نيمه‌مسيحي  ايلخاني داده بود و دستگاه خلافت برچيده شده، شامات و مصر، آخرين پايگاه جهان اسلام، با تهديد مستقيم مغولان روبه‌رو شده بود.
هم‌زمان با حملات هلاكوخان (651ـ663ق) و پيروزي‌هاي درخشان او، اجتماعات مسيحي در ميان مسلمانان در سراسر خاور نزديك تشكيل شده بود. اين مسيحيان وظايف نسبتاً مهمي را در زندگي اجتماعي به عهده داشتند. به اين ترتيب، رابطة آنان با فرمانرواي مغولان از نظر سياسي نمي‌توانست بي‌اهميت باشد. ايلخانان ناگزير بودند به اين اجتماعات به عنوان يك عامل سياسي توجه كنند. اين وضع برخلاف موقعيت مسيحيان در مغولستان و آسياي مركزي كاملاً تازگي داشت. 
مسيحيان از همان ابتداي حمله هلاكو به ايران نمايندگان و رسولان خود را به دربار هلاكو رسانيده و با اظهار دوستي و حتي انقياد، امپراتوران مغول را به ادامه لشكركشي به بقيه دنياي اسلام تشويق مي‌كردند. علاوه بر اين، مسيحيان در لشكركشي‌هاي هلاكو به ايران و عراق نيروي او را تأمين كردند،  زيرا آنان بر اين عقيده بودند كه مغولان از جانب خداوند فرستاده شده تا انتقام مسيحيان را از مسلمانان بگيرند. به علت همين كمك‌هاي مسيحيان به هلاكوخان بود كه در حمله هلاكو به عراق، اقليت مسيحي اين ديار از غارت و آسيب، مصون ماندند. 
همچنين در لشكركشي هلاكو به خاور نزديك حكومت‌ها در برابر مغولان به مقابله برخاستند. البته مغولان در اين زمان نيز به مسيحيان روي‌خوش نشان دادند و به آنان آزادي‌هايي داده و به اين ترتيب، پيوند مسيحيان را با خود محكم‌تر كردند. 
البته علت اعطاي امتياز و آزادي به مسيحيان، پيروي شديد دو خاتون، يكي سِرقوقتيني بيگي  مادر هلاكو و ديگري دوقوزخاتون  همسر وي از دين مسيح (فرقه نسطوري) بود. در اين راستا خان مغول نه تنها به مسيحيان اجازه داده بود كه در هر شهر كليسا ساخته و ناقوس‌ها را به صدا درآورند، بلكه به همراه همسرانش در مراسم كليسايي شركت مي‌كرد و از روحانيون مي‌خواست تا برايش دعا بخوانند. با نظر دوقوزخاتون، كشيشان و به طور كلي مسيحيان بر سر كارهاي حساس ديواني و سپاهي گماشته شدند. علاوه بر اين، از اطراف و اكناف جهان نيز روحانيون، پزشكان، بازرگانان و ماجراجويان مسيحي و همچنين هيئت‌هاي مذهبي به ايران روي آورده و هريك فراخور حال خود، مقامي يافته و جا را براي ايرانيان تنگ مي‌كردند.  در اين زمان، مسيحيان بسياري در خراسان بزرگ در شهرهايي، چون سمرقند، مرو، بلخ، بخارا، كاشمر و توس مي‌زيستند. در توس يك كليساي اسقف‌نشين تأسيس شده بود. در كردستان نيز از اين اقليت سخن به ميان آمده است. 
رابطه اباقا (663-680ق) با مسيحيان مانند پدرش صميمانه بود. اباقا بعضي وقت‌ها در جشن‌هاي مذهبي شركت مي‌كرد، از جمله يك‌بار پيش از مرگش به سال 1282م در جشن عيد پاك در همدان حاضر شد. او مقارن فوت پدر، دختر ميخائيل هشتم امپراتور قسطنطنيه را به ازدواج خود درآورد و بر اثر نفوذ او و مادر خود كه عيسوي بود، مسيحيان را به خويش نزديك ساخت.  از يك نظر اباقا و ارغون (683-690ق) حتي از هلاكو نيز پا فراتر نهاده و فرمان ضرب سكه‌هايي را دادند كه روي آن عبارت: «به نام پدر، پسر و روح‌القدس» و علامت صليب نقش بسته بود. 
اين رابطه در دوران گيخاتو(690-694ق) نيز ادامه يافت، بي‌آنكه اين ايلخان چون برادرش در برابر مسلمانان رفتار خصومت‌آميز پيش گيرد. گيخاتو چون در سال 1292م بيمار شد، روحانيون مسيحي، مسلمان، يهودي و بودايي را به بالين خود خواند. او به مناسبت‌هاي مختلف از جمله مراسم مرگ مريم (15 اوت 1291) و مراسم عشاي ربّاني به كليسايي كه به فرمان دقوزخاتون ساخته شده بود، مي‌رفت و در تابستان سال بعد با جبلهاي سوم در مراغه ملاقات كرد كه در اين ملاقات علاوه بر اعطاي هداياي نفيس، اجازه ساخت كليسا را هم به او داد.
اين روند همچنان ادامه پيدا كرد تا اينكه در زمان سلطنت غازان‌خان(693-703ق) به علت اسلام آوردن غازان خان، مسائل مسيحيت دگرگون شد و تلاش‌هاي ضدمسيحي همه‌جانبه‌‌اي آغاز شد تا جايي كه در سال 703ق براي ضربه زدن به مسيحيان، به مراغه كه پس از بغداد مهم‌ترين پايگاه اين اقليت در ايران شمرده شده و بطريق‌نشين گشته بود، توجه كرده و ماريه بالاها يسوم به طريق معروف و سالخورده اين شهر را با وجود سن زياد و نژاد مغولي‌اش، در منزل مسكوني وي دستگير و زنداني كرده و او را از پا آويخته و شكنجه كردند تا از دين خود روگردان شود، اما چون نپذيرفت، مبلغ بيست هزار دينار از او جزيه مطالبه كردند. سرانجام، اين روحاني عالي‌رتبه مسيحي گريخت و پنهان شد و از آن پس مسيحيان شهر مجبور شدند مبلغ 36 هزار دينار جريمه به خزانه بپردازند. در چنين شرايطي كليساها و ديرها ويران شده و بسياري از آنها به مسجد تبديل شد و مسيحيان مي‌بايست به منظور مشخص شدن از ديگران، زنّار مي‌بستند.  
رفته رفته آزار به حدي رسيد كه غازان‌خان ناگزير شد آن را متوقف كند. در اين ميان، جبلهاي سوم موفق شده بود با غازان‌خان گفت‌وگو كند (رمضان 695). تكفورحاتم دوم پادشاه ارمنستان صغري نيز كه اعلام فرمانبرداري از غازان كرده بود، به شفاعت هم‌كيشان خود برخاست، در نتيجه، فرماني صادر شد كه بر اساس آن براي كساني كه به كليساهاي مسيحي آسيب مي‌رساندند، مجازات تعيين شد.
الجايتو(703-716ق)، دستور داد كه در سال 707ق مردم ارمنستان و گرجستان را به قبول اسلام مجبور كنند، از اين‌رو، مسيحيان بار ديگر تحت تعقيب و آزار قرار گرفتند و بنا به روايت مورخان نسطوري خود، در اين شكنجه‌اي كه به آنان وارد مي‌آمد، بي‌تقصير نبودند. الجايتو ديگر به گفته‌هاي جبلهاي سوم ترتيب اثر نمي‌داد. مسيحيان در دوران زمامداري الجايتو يعني ايلخاني كه در كودكي غسل تعميدش داده بودند، از هرگونه آزادي مذهبي قطع اميد كردند. اگر چه روايت مي‌شود كه ايلخان مبلغ پنج هزار دينار و چند دهكده را در نزديكي بغداد به جبلهاي سوم بخشيد، اما اگر هم در صحت اين روايت ترديد نشود، اين بخشش را بايد نشانه لطف ايلخان به يك هموطن مغولي دانست. 
جبلهاي سوم كمي پس از جلوس ابوسعيد (716-736ق) بر تخت سلطنت در 7 رمضان 717 درگذشت. به اين ترتيب، مسيحيت آخرين حامي خود را از دست داد و در طول قرن‌ها ديگر هيچ نوع اهميت سياسي نيافت. در اين موقع صد سال از نخستين حمله مغول به آسياي مركزي و خاور نزديك مي‌گذشت. 
مسيحيت در دوره صفويان
به طور كلي سياست مذهبي دولت صفوي (907-1135ق) در طول استمرار آن، مبارزه با كساني بود كه با آرا و عقايد آنان توافقي نداشتند. مبارزه مذهبي صفوي، تنها بيگانگان و ايرانيان اهل تسنن را دربر نمي‌گرفت، بلكه به ايرانيان غيرمسلمان، را شامل مي‌شد. نوع و ميزان اين مبارزه در هر دوره و بنا بر سياست ويژه زمامدار وقت، تغيير مي‌كرد.
 به طور كلي اقليت‌هاي مذهبي عهد صفوي ـ جداي از تعداد قليلي از هندوان- عبارت بودند از: 1. زردشتيان، 2. يهوديان، 3. مسيحيان. هر سه گروه در كليه ادوار صفوي، به استثناي دوره‌اي از عهد شاه عباس يكم (996-1036ق)، كه در پي سياست مذهبي ويژه‌اي بود، مورد آزار قرار گرفتند. در عهد شاه عباس يكم و نيز دوره شاه صفي (۱۰38-۱۰۵۲ق) و شاه عباس دوم(۱۰52-۱۰۷۷ق) مي‌توان گفت كه زمامداران صفوي روش مسالمت‌آميزي را درباره اقليت‌ها، اتخاذ كرده بودند، اما در زمان شاه‌حسين (۱۱05-۱۱۳۵ق) اين سياست تغيير كرد.
سياست مذهبي شاه تهماسب اول (۹30-۹84ق) با توجه به اينكه در ابتدا پايبندي زيادي به اجراي فرامين مذهب تشيع از خود نشان مي‌داد شايد اين پايبندي مذهبي شاه‌تهماسب در اين قضيه مشخص شود: از سال 960ق به بعد انگليسي‌ها در رقابت با پرتغالي‌ها سعي كردند جناح شمالي امپراتوري عثماني را دور زده، با آن كشور و ايران روابط تجاري برقرار كنند. به همين منظور، كمپاني مسكوي را در روسيه تأسيس كردند. از طرف آن كمپاني آنتوني جنكينسون به ايران مسافرت كرد. وي در23 ربيع الاول 970ق به حضور شاه‌تهماسب بار يافت و نامه ملكه انگليس را به شاه تقديم كرد. هدف نامه عبارت بود از برقراري دوستي و آزادي عبور بازرگانان. همه چيز به خوبي پيش مي‌رفت تا اينكه شاه دريافت جنكينسون مسيحي است، از اين‌رو، به او گفت: «اي بي‌ايمان ما هيچ احتياجي به دوستي با بي‌ايمانان نداريم.» جنكينسون بدون مقدمه از حضور شاه اخراج شد و از ديدن اينكه هنگام ترك محل يك مستخدم با چهار چرخه‌اي پر از شن تمامي مسافتي را كه در داخل قصر پيموده بود، شن مي‌پاشد، عصباني شد. 
مي‌دانيم كه اروپاي ستيزه‌گر كه پس از تصرف قسطنطنيه توسط سلطان محمد فاتح در 857ق/ 1453م سخت خشمناك و ضربه خورده بود، از پديد آمدن دشمني نيرومند در همسايگي خاوري عثماني بسيار خشنود شد و بر همين اساس، پيوند دوستي اروپا با صفويان گسترش يافت كه از جمله آنها پرتغال، اسپانيا، روسيه، هلند، فرانسه و انگليس بودند. اما در اين بين، پيوند امپراتوري بريتانيا در روزگار شاه عباس يكم از سال 1007ق/ 1598م به وسيله برادران شرلي  به شيوه‌اي بنيادي درآمد.  از اين دو برادر (آنتوني  و رابرت ) كه براي پديد آمدن پيوند دوستي ميان انگليس و ايران و آماده كردن شاه‌عباس براي جنگ با عثماني به ايران آمده بودند، پذيرايي بي‌سابقه‌اي صورت گرفت. شاه، آنتوني را بر صندلي خود نشاند و او را بوسيد و گفت: برادر في‌الحقيقه تو شايسته اينجا هستي. همچنين شاه عباس به او نيز مي‌گفت كه از وقت آمدن شما نزد من، من عيسوي هستم. اين دوستي شاه‌عباس يكم با انگليس به حدي بود كه شاه‌عباس، جيمز  پادشاه انگليس را «برادر بزرگ خود خواند» و در سال 1030-1032/1620-1622م توانست با كمك انگلستان، جزاير اشغال شده خليج‌فارس را از چنگ پرتغال و اسپانيا درآورد. 
يكي از وقايع تاريخي دورة شاه‌عباس يكم كوچ ارامنه به اصفهان و اسكان آنها در كرانه جنوبي زاينده‌رود بود. به همين منظور عده‌اي از ثروتمندان و تجار آنجا با حمايت شاه عباس در ساحل همين رودخانه شهر جوقاينو (جلفاي كنوني) را به سبب اينكه شهرشان در ارمنستان موسوم به جوقا بود، بنا نهاده  و عده‌اي هم در فريدن اقامت كردند. اكنون بسياري از دهات فريدن ارمني‌نشين هستند.  شاه عباس دريافته بود كه با محبت، بهتر مي‌توان اراده خود را به كسي تحميل كرد، از اين‌رو، پس از رساندن ارمنيان به ايران با آنها خوش‌رفتاري كرد و امتيازاتي، از قبيل آزادي مذهب براي آنها قائل شد.  همچنين از زمان او از ميان ارامنه يك نفر تحت عنوان كلانتر انتخاب، و امور انتظامات ارامنه را عهده‌دار شد و كلانتر مزبور مورد توجه شاه عباس نيز بود، به طوري كه شاه بعضاً به عنوان مهمان بر كلانتر مذكور وارد مي‌شد. اين رسم تا پايان سلطنت سلاطين قاجار رايج بود. 
در عهد شاه سلطان حسين بنا بر تشويق برخي از مقامات و درباريان و به علت ضعف دولت صفوي در اواخر اين سلسله، مسيحيان نيز مانند ديگر اقليت‌ها، مورد آزار قرار گرفتند. ماليات‌ها تا حدودي سخت براي كليساها وضع شد و ارامنه سخت تحت فشار قرار گرفتند. اين فشار به حدي بود كه يكي از ارامنه قفقاز به نام اسرائيلاوري كه فرستاده دولت مسكو به ايران بود، با همكاري ارمنيان و روميان، مقدمات جنبشي را عليه دولت صفوي تدارك ديد. بر اثر همين فشار‌ها بود كه عده‌اي از آنها، بخصوص تجار ارمني، با مال‌التجاره خود از ايران خارج شده و اين امر تا حدودي به زيان كشور تمام شد. 
نكته قابل توجه اين است كه در پي گسترش سياست‌هاي ديني صفويان و استقرار ساختار ديني تشيع اثني‌عشري، علاوه بر ساختار ديني پيشين (تسنن) ساير اقليت‌هاي ديني ديگر هم تحت تأثير قرار گرفتند. از اين‌رو، در اين دوره به منظور مشخص شدن حقوق و وظايف ديني آنها رساله‌هايي مربوط به احكام ذميان نوشته شد. يكي از مهم‌ترين آنها رساله مجلسي اول است كه در آن آمده است: 
ذميان موظف مي‌شوند كه فرزندان خود را به دين خود ترغيب نكنند و اگر مسلماني در صدد برآيد تا يك تن از آنان را مسلمان كند، او را منع نكنند و در عين حال، در ميان مسلمانان، بخصوص عوام به تبليغ دين خود نپردازند و آنچه كه رسم آنان است در ميان مسلمانان ظاهر نسازند. ناقوس زدن بايد به گونه‌اي باشد كه مسلمانان صداي آن را نشنوند... . 
گزارش‌هاي متعددي دربارة مسلمان شدن مسيحيان در اصفهان در دوره صفوي وجود دارد، از جمله آنها آقاپيري، كلانتر ارامنه جلفا پدر آنتونيو دو ژوزو  رئيس دير آگوستينين‌هاي  اصفهان است. پدر آنتونيو پس از مدتي اقامت در اصفهان، مسلمان شد و نام اسلامي «علي‌قلي» را انتخاب كرد. در اسلام آوردن او ساختار ديني اواخر عهد صفوي به روشني آشكار است. 
مسيحيت در مدت حكومت هفت ساله افاغنه در ايران (1135-1142ق/ 172-1729م) در برابر قواي حاكم، موقعيت سياسي و اجتماعي خود را به گونه‌اي حفظ كرد، بطوري كه در اين دوران يك مبلغ يسوعي  لهستاني به نام كروسينسكي كه مدتي پزشك دربار شاه سلطان حسين بود، كار طبابت را در دربار محمود (1137-1142ق) پس گرفت و مدتي پس از جلوس اشرف نيز در ايران ماند كه اين نشان‌دهندة وضعيت مطلوب آنها در زمينه تبليغ دين مسيحيت است. 
افشاريه و مسيحيت
در دوران حكمراني نادرشاه افشار (1148-1160ق/1736-1747م) نيز مسيحيان به سبب رفتار مودت‌آميز شاه، در ايران حضور داشته و در امور سياسي، اقتصادي و اجتماعي شركت مي‌كردند. رفتار نادر با آبراهام كاتوليكوس  خليفه ارامنه، در كليساي اوچميادزين(اوچ=سه كليسا) نمودار كاملي از سياست مذهبي اوست كه بر مبناي احترام به عقايد كليه مذاهب و مراعات پيروان آنها شكل گرفته بود. اين واقعه در سال 1148ق/ 1735م و هنگامي اتفاق افتاد كه نادر پس از درهم شكستن قواي عبدالله پاشا كوپر اوغلي نزديك قلع قارص، در كنار كليساي اوچميادزين اردو زده بود. در اين هنگام آبراهام همراه پنج نفر كشيش و هداياي مناسب به ديدار نادر رفت و نادر آنها را پذيرفت و فرمان خليفه بودن آبراهام را به وي داد. نادر از آن كليسا (اوچميادزين) ديدن كرد و به هنگام وداع گفت: «از هيچ جهت وحشت نداشته باشيد، زيرا كه كليساي شما به منزله خانه من و در تحت حمايت من است؛ احدي را قدرت ايذاء و مزاحمت شما نيست.» 
نادر حتي با انتقال عده بي‌شماري از ارامنه نخجوان به مشهد و آزاد گذاشتن آنان براي پيروي از مذهب خويش و داير كردن مغازه‌هاي مشروب‌فروشي، موجب برآشفتگي مؤمنان شد. نادر با حضور نمايندگي‌هاي خارجي در اصفهان به هيچ روي ابراز مخالفت نمي‌كرد، همچنان‌که در دوران سلطنت وي عده بسياري از «يسوعي‌ها» و «كرملي‌ها»  در اصفهان و بسياري از مسيحيان در گيلان اقامت داشتند. حتي نادر پزشكان خود را از مسيحيان انتخاب مي‌كرد. در زمان نادرشاه در جلفا 22 كليساي ارتدكس و چهار كليساي كاتوليك وجود داشت و ارامنه آنجا در آن زمان، حدود ده هزار تن بودند. همچنين در اين زمان عده زيادي از سربازان و افسران ارمني در جنگ‌هاي نادر با ساير ممالك شركت كرده، از خود دليري‌ها نشان دادند. 
اما با وجود اين، به نظر مي‌رسد طي سال‌هاي بعد سياست مذهبي نادر درباره ارامنه تا حدودي فرق مي‌كند وي اگرچه در اواخر سال 1740 فرمان داد كه انجيل را به زبان فارسي ترجمه كنند. براي اين كار، چند تن از اسقف‌ها و كشيشان ارمني و چند نفر از مبلغان كاتوليك و ملاهاي ايراني را دعوت كرد. بعد از اتمام ترجمه و هنگام پيشكش به او، نادرشاه مطالب مسخره‌آميزي دربارة جنبه‌هاي اسرارآميز مذهب عيسوي بر زبان راند و ضمناً مذهب كليمي را هم به باد ريشخند گرفت و همچنين از محمد و علي انتقاد كرد. 
نادر عقيده داشت كه نويسندگان انجيل در شرح‌هاي خود بيش از علماي مسلمان و كشيشان اختلاف دارند و بنابراين، اشكال مرتفع نخواهد شد و اگر خدا به او عمر بدهد از مذهب اسلام و عيسوي، مذهبي به وجود خواهد آورد كه از ديگر آيين‌هاي بشر به مراتب بهتر باشد. ظاهراً نادر در فكر تأسيس مذهبي بود، ولي اين نقشه با در نظر گرفتن اوضاع زمان و علاقه او به لشكركشي، مسخره‌آميز بود و با شوق و ذوقي كه پادشاهان مشرق به طور كلي به مذهب داشتند، به هيچ وجه سازگاري نداشت. 
بايد دانست كه اگرچه نادر و جانشينان او طي صدور فرمان‌هايي آزادي مسيحيان را يادآور شدند، اما به سبب بروز اغتشاشات مداوم و جنگ‌هاي محلي، مسيحيان ايراني همانند ساير گروه‌هاي اجتماعي با مشكلات ناشي از جنگ‌هاي مكرر روبه‌رو شدند. از جمله اينكه فعاليت‌هاي اقتصادي آنان متوقف شد و در نتيجه، عده‌اي از مسيحيان از ايران مهاجرت كردند. اما پس از قدرت يافتن كريم‌خان‌زند (1163-1193ق/1750-1794م) و برقراري آرامش نسبي در ايران، مسيحيان مهاجر به ايران بازگشته، عده‌اي از آنان در شيراز استقرار يافتند. 
زنديه و مسيحيت
در دوران زنديه (1163-1209ق/ 1750-1794م) نيز حكمرانان زند به تبعيت از امراي صفوي و افشاري فرامان‌هايي براي آزادي مسيحيان صادر كردند. در اين ميان طبق روال مرسوم در قرن‌هاي 11و 12ق/ 17و 18م نماينده مسيحيان با عنوان «كلانتر» در دربار حضور داشت و به امور آنان رسيدگي مي‌كرد.  بيشترين مراودات دولت زند با مسيحيان و اقليت‌هاي ديني ديگر در دوران كريم‌خان‌زند (1179-1193ق) انجام ‌پذيرفت. در عهد كريم‌خان با پيروان اديان ديگر، به مدارا مي‌شد، از اين،رو، مسيحيان، يهوديان و زرتشتيان از آرامش خاص بهره‌مند بوده و زندگي را در عصر وي مغتنم مي‌شمردند. همچنين به آنها آزادي مذهب و تجارت داده شد. 
براساس همين سياست‌ها بود كه حتي آنهايي كه در عصر افشار، ايران را ترك كرده بودند، با توجه به سياست مذهبي كريم‌خان و عدم تعصب وي به ايران بازگشتند.  كارستننيبور كه خود شاهد عيني بازگشت آنان بوده است، مي‌نويسد: آن عده از خانواده‌هاي ارمني كه به سبب آشفتگي‌هاي داخلي قبلي، ايران را ترك كرده بودند، دوباره به كشور بازگشتند. 
دولت كريم‌خان‌‌زند از يك‌سو، به سبب نياز سپاهيانش به پارچه‌هاي ساخت كارخانه‌هاي فرانسه و از سوي ديگر، براي بهره‌گيري از كمك‌هاي نظامي فرانسه به منظور بيرون راندن اميرمهنّا از جزيره خارك، از برقراري پيوند دوستي و بازرگاني با فرانسه خشنود بود. بر اين اساس، هنگامي‌كه «عمدة المسيحيه پادري فرنسيه حكيم» در ماه شوال سال 1177/مارس 1764 نزد كريم‌‌خان بار يافت، به استناد آنكه گروه‌هاي گوناگون مسيحي و «پادريان فرنگيان» كه در اصفهان و بسياري از شهرهاي آذربايجان و فارس مي‌زيستند از آزادي داد و ستد، آموزش و پرورش به شيوه خود و به جا آوردن رسم و آيين خويشتن بهره‌مند بودند، درخواست كرد همان‌گونه آزادي‌ها در ممالك محروسه بدان‌ها داده شود. كريم‌خان همه خواسته‌هاي وي را پذيرفت و به همه عاليجاهان بيگلربيگيان عظام و حكام كرام و عمّال ولايات محروسه دستور داد كه حسب الارقام سلاطين پيشين و در چارچوب شروط مذكوره به همه مسيحيان بيگانه آزادي دهند و مراعات ايشان را منظور دارند و در عهده شناسند. تقريباً عين همين فرمان دوستانه در سال 1195ق / ژوئن 1781 از سوي علي‌مردان خان زند (1193-1199ق) و به درخواست «عمدة المسيحيه پادري اوانوس حكيم» صادر شد. 
قاجاريه و مسيحيت
وضع مسيحيان در دوره قاجاريه (1209-1342ق/ 1794-1924م) كمابيش همانند ادوار گذشته بود. بر اين اساس، نسطوريان در نواحي غربي و شمال غرب ساكن بوده و بيشتر به كشاورزي اشتغال داشتند. همچنين ارامنه در شهرهاي مختلف، مانند رشت، تبريز، اروميه، اصفهان و تهران اقامت كرده، گروهي از آنان به بازرگان پرداختند. 
در زمان عباس ميرزا (1203-1249ق) به اقليت‌هاي مذهبي توجه خاصي شد، حتي عباس ميرزا مي‌خواست با همكاري علما حقوقي را كه شريعت براي آنها در نظر گرفته، تأمين كند. وي بر حمايت خود از مسيحيان آذربايجان و قفقاز نيز افزود، شايد براي اين منظور كه از جاذبه حكومت روس بكاهد. وي به هيئت‌هاي تبليغي كه در ميان نسطوريان اروميه تلاش مي‌كردند مدرسه ميسيونري در تبريز تأسيس كنند، توجه داشت. مهم‌تر از اين، تلاش وي در سال 1242ق/ 1826م بود كه به منظور جلب مستعمره‌نشينان كشاورز انگليسي براي اقامت در ساوجبلاغ آذربايجان (مهاباد)، در مطبوعات انگليسي اطلاعيه داد. 
در دوران صدارت اميركبير سياست او با «ملل متنوعه» بر پايه مداراي مذهبي و حق آزادي پرستش و تساوي حقوق اجتماعي قرار داشت. به همين علت او را روشنفكري ديني شناخته‌اند. جنبه تازه و مترقي سياست اميركبير، كوشش او در راه تأمين مساوات حقوق اقليت‌‌ها و بالا بردن مقام اجتماعي آنان بود. در اين رويه آزادمنشانه، غير از عنصر روشن‌بيني، عامل مصلحت سياسي نيز دخيل بود. در زمان او اقليت نصراني ايران را آشوريان كاتوليك سلماس، اروميه، ارمنيان ارتدكس تبريز و اصفهان، كاتوليك‌هاي اصفهان و كردستان و چند شهر ديگر تشكيل مي‌دادند. همچنين اميركبير در دوران صدارت خويش بر آن شد كه عيسويان را از تبعيض‌هاي ديواني و اجتماعي برهاند، بر اين اساس، بي‌عدالتي مالياتي را درباره آنان از بين برد. 
در زمان محمدشاه(1213-1227ق) كه پاي كشيشان فرانسوي و آمريكايي به آذربايجان باز شد، دوره فعاليت تازه هيئت‌هاي مذهبي آغاز گرديد كه برخي از آنان كارهاي مفيدي، مثل تأسيس مدرسه براي اطفال مسيحي انجام دادند. گفتني است كه اروپايي‌ها در دوران قاجاريه در بعضي از شهرهاي ايران مؤسسه‌هاي آموزشي و فرهنگي داير كرده بودند. اين مؤسسه‌ها با كمك هيئت‌هاي مختلف مذهبي و غيرمذهبي ذيل نام «كارهاي فرهنگي و انسان دوستانه» به اشكال مختلف ايجاد شده كه از جمله آنها مؤسسه هيئت‌هاي مذهبي پروتستان، ميسيون آمريكايي پرسبيترين  بود كه در قالب دو شعبه غرب و شرق ايران در شهرهاي مختلف فعاليت مي‌كردند. از هيئت‌هاي مذهبي كاتوليك هم ميسيون لازاريست‌ها  و ميسيون كاتوليك‌هاي يوناني مشغول فعاليت بودند. 
پهلوي و مسيحيت
در دوره رضاشاه پهلوي در حالي كه به شعائر اسلامي بي‌اعتنايي مي‌شد و روحانيون از هر سو تحت فشار بودند، وضع اقليت‌هاي مذهبي در اين دوره به مراتب بهتر از اكثريت مسلمانان بود. و برخي در اين‌باره گفته‌اند:
در مقابل علما كه در ايران جديد، منزلت و اقتدارشان آشكارا كاهش يافته بود، اقليت‌هاي مذهبي از اهميت بيشتر و فرصت‌هاي بهتري براي پيشرفت اقتصادي بهره‌مند شده بودند كه نتيجه حركت‌هاي دولت رضاشاه در جهت برخوردِ برابر با كليه شهروندان بود. البته اين وضعيت از احساسات آزادي‌خواهانه يا مساوات‌طلبانه رضاشاه نشئت نمي‌گرفت، بلكه از تمايل او به قرار دادن كليه ايرانيان در يك سطح در مقابل دولتي نيرومند سرچشمه مي‌گرفت. به هرحال، نتيجه اين سياست بهبود وضع بيشتر مسيحيان ارمني، يهودي‌ها و زرتشتي‌ها بود كه باب تعداد زيادي از مشاغل و حرفه‌هاي جديد به روي آنها گشوده شد. 
در چنين فضايي مجدداً ارامنه آزادي بيشتري به دست آوردند و از هر جهت، ميدان براي آنها باز شد. به سبب وجود اين سياست‌ها بود كه عده‌اي از آنها به تهران و عده‌اي به خوزستان مهاجرت كردند. همچنين در اين زمان، كرسي زبان و ادبيات ارمني در دانشگاه اصفهان تشكيل شد و نماينده‌اي در مجلس داشتند. 
جمهوري اسلامي ايران و مسيحيت
پس از پيروزي انقلاب اسلامي، مسيحيان به عنوان شهروند ايراني در اين مرز و بوم باقي مانده، حقوق و وظايفي از طرف نظام بر آنها تعريف شد. در انديشه امام خميني(ره) اقليت‌ها در نظام جمهوري اسلامي همانند ساير افراد از حقوق برابر و احترام كامل بهره‌مندند: «آنها با ساير افراد در همه چيز مشترك و حقوقشان به حسب قوانين داده مي‌شود و در حكومت اسلامي آنها در رفاه و آسايش هستند.»  امام خميني اقليت‌هاي مذهبي را در نظام سياسي ديني در انجام كليه فرايض عبادي، مذهبي و اجتماعي، آزاد مي‌داند و معتقد است:
تمام اقليت‌هاي مذهبي در ايران براي اجراي آداب ديني و اجتماعي خود آزادند و حكومت اسلامي خود را موظف مي‌داند تا از حقوق و امنيت آنان دفاع كنند و آنان هم مثل ساير مردم مسلمان ايران، ايراني و محترم هستند. 
امام خميني درباره آزادي عقيده و اظهارنظر اقليت‌ها نيز ضمن پذيرش آزادي براي اقليت‌ها، اظهارنظر و ابراز عقيده را نيز براي آنها قائل شده است:
دولت اسلامي، يك دولت دموكراتيك به معناي واقعي است و براي همه اقليت‌هاي مذهبي معتقد به آزادي به طور كامل هست و هر كسي مي‌تواند اظهار عقيده خودش را بكند و اسلام جواب همه عقايد را به عهده دارد و دولت اسلامي، تمامي منطق‌ها را با منطق جواب خواهد داد. 
قانون اساسي هم در اين راستا مي‌گويد:
ايرانيان زردشتي، كليمي و مسيحي تنها اقليت‌هاي ديني شناخته مي‌شوند كه در حدود قانون در انجام مراسم ديني خود آزادند و در احوال شخصيه و تعليمات ديني بر طبق آيين خود عمل مي‌كنند. 
از اين‌رو، اصل شصت و چهارم هم به اين تأثيرگذاري اقليت‌ها در امر قانون‌گذاري اشعار دارد و مي‌گويد: «زردشتيان و كليميان هركدام يك نماينده، و مسيحيان آشوري و كلداني مجموعاً يك نماينده، و مسيحيان ارمني جنوب و شمال هر كدام يك نماينده انتخاب مي‌كنند.» 
نتيجه‌گيري
دغدغه تبليغ دين در تمام اعصار از خصلت‌هاي مهم مسيحيت بوده است. تساهل و تسامح دولت اشكاني، ورود نخستين تكاپوهاي تبليغي و اجتماعات اين قوم را به سرزمين ايران ميسر ساخت. ضمن اينكه در اين مورد نبايد شرايط اجتماعي، فرهنگي، ديني و سياسي آن روزگار را بي‌تأثير دانست.
همچنين مي‌توان دريافت كه آزادي عقايد و شكيبايي مذهبي مادامي که تهديدات سياسي و امنيتي را در پي نداشته، از بنيادهاي كهن فرهنگ ايران بوده و دولتمردان در تمامي ادوار به آن توجه داشته و رعاياي ايران از آزادي بهره‌مند بوده‌اند. البته در مواردي كه پيروان اديان، اعم از عيسوي و غيره مي‌خواستند، در پوشش دين، اغراض سياسي و شخصي را اعمال نمايند، حاكمان ايران با انگيزه حفظ قدرت خود يا با انگيزه وطن‌دوستي و ملت‌دوستي، با صاحبان اديان غيررسمي، به ويژه مسيحيان که به همکاري با روميان متهم بودند، با شدت عمل برخورد مي‌کردند. 
نگرش به مسئله مسيحيت در قبل و بعد از اسلام با رويکردهاي متفاوتي همراه بوده است. در دوره اسلامي به سبب سياست مداراگونه که سنت و منش پيامبر اسلام بود، حضور مسيحيان در جامعه، به ويژه در کارهاي علمي و فرهنگي، نمود خاصي پيدا مي‌کند. در اين راستا نگاه مسلمانان به مسيحيت فراتر از اقليت ديني بود و در واقع، هر جا که لازم بوده بي‌تعصب از آنها در جهت توسعه جامعة اسلامي استفاده نموده و در بعد ديني نيز با آنها گفت‌وگوهاي علمي داشتند. خود مسيحيان نيز براي باقي ماندن در جامعه اسلامي ايران و حفظ موقعيت خويش از هيچ تلاشي فروگذار نمي‌کردند و با حاکمان وقت، باب دوستي را باز مي‌کردند.
البته مسيحيت نيز در تاريخ حضور خود در ايران مانند هر پديده ديگر در کش و قوس‌هاي تاريخي متأثر بوده است و بسته به سليقه و عقيده و سياست حاکمان وقت با رفتارهاي متفاوتي روبه‌رو بوده است. به غير از دوره تقريباً مسيحيت در ديگر اعصار به طور مسالمت‌آميز در ايران به حيات خود ادامه داده و فراز اين قوم در ايران دوره اسلامي در مقايسه با قبل از اسلام، بيشتر بوده است و آنان هيچ‌گاه در معرض قتل عام و اجبار به ترک آيين خود، آن‌گونه در برخي برهه‌هاي پيش از اسلام وجود داشت، قرار نگرفتند.