تاريخ اسلام در آينه پژوهش

 
مقدمه
جامعه‌شناسان و فيلسوفان تاريخ كه درباره تکامل جامعه و تاريخ بحث کرده‌اند، با وجود اختلافاتي که درباره وجود حقيقي جامعه و نيز تکامل فلسفي تاريخ دارند، اما درباره حداقل‌هايي از قبيل وجود اعتباري جامعه و تکاملي بودن دوره‌هايي از تاريخ جوامع که از آن به «فراز و فرود تاريخ و جامعه» تعبير مي‌شود، اتفاق‌نظر دارند. تکامل دوره‌اي يا تاريخي در يک جامعه يا يک نهاد اجتماعي از روي گزاف و بدون اتکا بر چشمه‌ها و عناصر فرهنگي، ظرفيت‌هاي بالقوه و استعدادهاي نهفته آغازين و بادوام، امکان‌پذير نيست. در حقيقت موتور محرک آن جامعه يا نهاد اجتماعي براي سير و حرکت تکاملي، احساسات، الگوها، ارزش‌ها و ايده‌هايي است که آن جامعه را به سمت کمال راهنمايي مي‌کند.
عکس اين قضيه هم صادق است: جامعه‌اي که برخوردار از عناصر فرهنگ انحطاطي، تخريبي و ضدتکاملي باشد، سرنوشت آن جامعه را با انحطاط، تخريب و نيستي همراه مي‌کند. با وجود اين، تعيين تجربي ـ نه انتزاعي ـ شاخص‌هاي تکامل در جامعه و نهاد اجتماعي صرفاً با بررسي سير حرکت تکاملي آن ممکن است. درواقع، بررسي سير حرکت تکاملي (يا انحطاطي) يک جامعه نشان مي‌دهد که آن جامعه يا نهاد در سرچشمه‌هاي فرهنگي خود برخوردار از احساسات و الگوهاي فرهنگي مناسبی براي تکامل بوده است يا نه. به تعبير ديگر بررسي سير حرکت جامعه صرف‌نظر از اينکه حرکت تکاملي جامعه را عيان مي‌سازد، دليلی تجربي است بر ارزشمندي عناصر فرهنگي اوليه‌اي که حرکت‌آفرين و تکامل‌بخش بوده است.
هر جامعه يا نهاد اجتماعي را مي‌توان با فرض مذکور بررسي کرد. حوزة علميه قم يکي از نهادهاي علمي ـ اجتماعي تأثيرگذار در تاريخ معاصر ايران است که بررسي روند و سير حرکت آن در تاريخ معاصر ايران، مي‌‌‌تواند ارزيابي مناسبي براي قضاوت مثبت يا منفي، ايجاد اميد يا نااميدي و اعتماد يا عدم اعتماد ايجاد کند. بر اين مبنا اين سؤال مطرح است که «سير حرکت (تکاملي) حوزة علميه قم در تاريخ معاصر ايران چگونه بوده است؟»
پاسخ به اين سؤال با رويکرد جامعه‌شناسي تاريخي و با تکيه بر منابع تاريخي ارائه خواهد شد. بررسي‌ها نشان مي‌دهد طرح اين پرسش و پاسخ به آن مسبوق به سابقه نيست، هرچند مقالاتي در زمينه تحولات مرتبط با حوزة علميه قم به نگارش درآمده است؛ اما همچنان‌که از عنوان آنها به دست مي‌آيد، اين مقالات صرفاً تحولات حوزة علميه قم را با رويکرد تاريخي و در زمينه تحولات علمي، اجتماعي و مديريتي مطرح کرده‌اند. برای مثال، «تاريخ و سير تحول حوزة علميه قم در دوران معاصر»، از گروه نويسندگان؛  و «تحولات ساختاري و معرفتي در حوزه‌هاي علميه»، نگارش حسن اربطيان. 
1. مفاهيم و بنيادهاي نظري
1ـ1. تعريف «تکامل»
تعريف «تكامل» در ميان انديشمندان زيست‌شناسي، در مقايسه با تعريف آن در ميان فلاسفه تاريخ و جامعه‌شناسان از روشني بيشتري برخوردار است. اگر يك «نوع» در مرتبه عالي‌تر از نوع ديگر قرار گيرد، به اين معنا كه پیکره آن مبسوط‌تر و پيچيده‌تر از نوع پيش باشد و بدين‌روی در تنازعِ بقا (كسب منفعت و دفع خطر) قابليت بيشتري بيابد، در اصطلاح در آن پیکره تكامل زيستي به‌وجود ‌آمده است.
اما در تكامل تاريخ و جامعه چنين وضوح و اتفاقي وجود ندارد و بيشتر كساني كه در پي تعريف «تكامل» هستند آن را نه به خودش، بلكه به مصاديق و ملاك‌هايش تعريف كرده‌اند. ازاين‌رو به‌ناچار تعريفي عام از تكامل مطرح مي‌كنيم كه بتواند بيشتر فلاسفه تاريخ و جامعه‌شناسان را با خود همراه كند: «تكامل اجتماعي عبارت است از: صعود جوامع انساني از يك وضعيت پست‌تر به يك وضعيت عالي‌تر در طول زمان». 
اما اينكه وضعيت عالي و وضعيت پست چيست؟ به‌گونه‌اي دقيق به اين موضوع بر‌مي‌گردد كه ملاك‌هاي تكامل از نظر هريک كدامند؟
2ـ1. حرکت چرخشي تاريخ
در پاسخ به همين سؤال است که برخي، اعم از انديشمندان مسلمان و غيرمسلمان، از اساس تکامل تاريخ و جامعه را انکار کرده‌اند. معتقدان به حرکت چرخشي تاريخ، از قبيل توين‌بي  و ابن‌خلدون  در اين دسته جاي مي‌گيرند. سوروکين  و نيز اشپنگلر  از ديگر معتقدان به الگوی حرکت چرخشي تاريخ هستند و تکامل تاريخ را بکلي مردود مي‌دانند.
3ـ1. حرکت تکاملي تاريخ
تكامل‌گرايان در اصل تكامل جوامع انساني و انتقال از وضعيت پست به وضعيت عالي، با يكديگر اختلاف ندارند. آنچه موضوع تكامل اجتماعي را پيچيده كرده و نظريات تكامليِ به نظر متفاوت و گاه كاملاً متضاد پديد آورده اختلاف آنان بر سر ملاك‌هاي تكامل است، نه اصل تكامل.
برخي ملاك‌هاي تکامل که از نظريات تكاملي انديشمندان برداشت مي‌شود عبارتند از: گذر از سادگي به پيچيدگي (اسپنسر)،  علم و دانش (آگوست کنت)،  فناوری و توسعه (هنري مورگان)،  علم،‌ فناوری و رفاه اجتماعي (كندرسه)،  تكامل ارزش‌هاي انسان‌گرايانه (نوع انديشمندان اجتماعي در غرب). 
4ـ1. ديدگاه انديشمندان مسلمان
از ديدگاه انديشمندان مسلمان، ملاک تکامل اجتماعي در فعليت يافتن استعدادهاي فطري انسان خلاصه مي‌شود. شهيد مرتضي مطهري به فعليت رسيدن استعدادهاي فطري انسان را ملاک حرکت تاريخ و جامعه مي‌داند.  «فطرت» حقيقتي است در اصل سرشت و خلقت انسان که در همه انسان‌ها مشترک و واحد است و انبياي الهي و شريعت آنها در طول تاريخ براي به فعليت رساندن، احيا و پرورش دادن اين حس فطري ارسال شده‌اند.  از نظر استاد، انسان موجودي است که در نهاد و رسالتش با متن خلقت، يک سلسله استعدادها نهفته که آن استعدادها ملاک تکامل واقعي است. اگر استعدادهاي دروني او بشکفد آن وقت اين موجود به کمال واقعي خودش رسيده است. 
«روح جمعي» که خود از خواص فطري نوع انسان است، به‌منزله نردبان و وسيله‌اي است که نوع انسان را به کمال نهايي خود مي‌رساند. تکيه‌گاه روح جمعي، روح فردي و به‌عبارت ديگر، فطرت انساني انسان است، و چون انسان نوع واحد است، جامعه‌هاي انساني نيز ذات، طبيعت و ماهيت يگانه دارند. 
علامه طباطبائی نيز به همين واقعيت تصريح کرده‌ است: ایشان با استدلال به برخي از آيات قران کريم   مي‌نویسد:
هيچ انسانى هيچ هدف و غايتى ندارد، مگر سعادت؛ همچنان‌‌كه تمامى انواع مخلوقات به سوى سعادت خود، و آن هدفى كه ايده‏آل آنهاست هدايت فطرى شده‏اند... بنابراين انسان نيز مانند ساير انواع مخلوقات مفطور به فطرتى است كه او را به سوى تكميل نواقص و رفع حوایجش هدايت نموده، و به آنچه كه نافع براى اوست، و به آنچه كه برايش ضرر دارد ملهم كرده است.  ... اختلاف افراد و مكان‌ها و زمان‌ها هيچ تأثيرى در برقرارى سنت دينى ندارد... براى انسانيت سنتى است واحد، و ثابت به ثبات اساسش، كه همان انسان است، و همين سنت است كه آسياى انسانيت بر محور آن مى‏گردد، و همچنين سنت‏هاى جزئى كه به اختلاف افراد و مكان‌ها و زمان‌ها مختلف مى‏شود، پيرامون آن دور مى‏زند. و اين همان است كه جمله‏ «ذلِكَ الدِّينُ الْقَيِّمُ وَ لكِنَّ أَكْثَرَ النَّاسِ لايَعْلَمُونَ» بدان اشاره مى‏كند. 
به اعتقاد استاد مطهري مهم‌ترين استعدادهاي بالقوه يا همان فطرياتي که به فعليت رسيدن آنها معيار تکامل جامعه و تاريخ است و جوامع براساس آنها به تکامل مي‌رسند، در سه محور خلاصه مي‌شوند: 1. ايمان؛ 2. رشد آگاهي؛ 3. رشد آزادي.
استاد مطهري در توضيح معيار اول مي‌نویسد: جوامع در ميانه نبردي ميان انسان متعالي و وارسته از خودخواهي و استکبار و وابسته به ايمان و ارزش‌ها، در مقابل انسان حيوان‌صفت و فاقد حيات عقلاني و آرماني، به سوي تکامل در حرکت است. اين کمال‌جويي، هم درباره فرد انساني و هم درباره جامعه و هم درباره تاريخ جوامع صدق مي‌کند.
حقيقت اين است كه سير تكاملى‏ انسان‏ از حيوانيت‏ آغاز مى‏شود و به سوى‏ انسانيت كمال مى‏يابد. اين اصل، هم درباره فرد صدق مى‏كند و هم درباره جامعه. 
در فرايند رشد و حرکت بشر به سوي تکامل و به فعليت رسيدن استعدادهاي فطري جامعه، شاهد رشد آگاهي انسان و جوامع نيز بوده‌ايم. آگاهي انسان به طبيعت، آگاهي انسان به آگاهي (خود) و آگاهي انسان به تاريخ خود، مراحل تکاملي آگاهي انسان را تشکيل مي‌دهد. 
جهت سوم، تکامل آزادي است؛ به اين معني که انسان در آينده به سوي آزادي بيشتري خواهد شتافت. فرايند تکاملي آزادي در تاريخ بشر در سه مرحله به ظهور رسيده است: آزادي انسان از اسارت طبيعت، آزادي انسان از خود و هواهاي نفساني‌اش، و آزادي انسان از محکوميت انسان‌هاي ديگر. 
آيت‌‌الله مصباح يزدي نيز در تعريف «تکامل» و تبيين مصداق کمال، تبييني مشابه تبيين استاد مطهري و علامه طباطبائي ارائه مي‌دهد، با تفاوتي درباره واقعيت تکامل جامعه و تاريخ که بيان خواهد شد:
در انديشه آيت‌‌الله مصباح يزدي، تكامل انسان،‌ جامعه و تاريخ عبارت است از: به فعليت رسيدن استعدادهايي كه در انسان و جامعه وجود دارد و مي‌تواند به فعليت برسد. حركت استكمالي يك موجود، و ازجمله انسان، به‌وسيله نيروهايي است كه در سرشت موجود كمال‌پذير به وديعت نهاده شده و با استفاده از شرايط و امكانات خارجي، انجام مي‌پذيرد. 
استعدادهاي کمال‌پذير انساني در ادبيات و انديشه ديني آيت‌‌الله مصباح يزدي همان اميال فطري هستند. استاد براي تبيين تكامل و ترسيم ديدگاه خود درباره كمال حقيقي انسان و جامعه انساني، با تکيه بر انسان‌شناسي الهي، نظريه «جهت‌يابي اميال فطري» را مطرح مي‌كند:
اميال فطري اصيل‌ترين نيروهايي هستند كه دست آفرينش در نهاد آدمي به وديعت نهاده است تا انسان با استفاده از آنها و نيز با استفاده از نيروهاي طبيعي و اكتسابي و امكانات خارجي مسير خود را به‌سوي كمال و سعادت بپيمايد. 
اميال فطري موجود در انسان همچون عقربه قطب‌‌نما، انسان را به هدف و سير نهايي آن راهنمايي مي‌كنند. بي‌ترديد، هدف اميال فطري و مسير نهايي آنها، همان كمال حقيقي و نهايي انسان و جامعه است. 
كمال انسان، جامعه و تاريخ و تكامل آنها عبارت است از: رسيدن به مرتبه‌اي از مراتب قرب الهي كه كمال نهايي آن در قرب مطلق، و عالي‌ترين مراتب علم حضوري به اسما و صفات ذات خداوند حاصل مي‌شود. 
آنچه استاد شهيد مطهري را از علامه فقيد مصباح يزدي جدا مي‌کند واقعيت تکامل در تاريخ است. درحالي‌‌که از نظر استاد، تکامل تاريخي ـ دست‌کم در رشد آگاهي و آزادي ـ واقعيتي انکارناپذير است، از نظر علامه مصباح يزدي، تكامل تاريخي «يك ميل است، نه يك قانون»؛ به اين معنا كه به فرض وجود تكامل در گذشته تاريخ، نمي‌توان آن را به صورت يك امر قطعي به سراسر تاريخ و ازجمله آينده که در اختيار ما نيست و به آن آگاهي نداريم، تعميم داد.
5ـ1. نظريه مرتبط با تکامل حوزة علميه در تاريخ معاصر
بررسی انديشه سه انديشمند مذکور سه اصل ذيل را آشکار مي‌سازد:
1. انسان‌ها، اعم از فرد، جامعه و گروه و اعم از اينکه براي جامعه وجود حقيقي قائل باشيم يا وجود اعتباري، داراي ظرفيت‌ها، استعدادها و فطريات واحد، يگانه و مشترک هستند.
2. با توجه به وجود ظرفيت‌ها، استعدادها و فطريات واحد و يگانه که جميع ابنای بشر به آن سرشته و خلق شده‌اند، همه جوامع به سوي آن فطريات هدايت مي‌شوند. کمال انساني و تکامل جوامع با فعليت یافتن فطرياتي که در نهاد آدمي تعبيه شده است و سپس با نردبان فرهنگ، توسعه مي‌يابد. جوامع در طول تاريخ، با همه فراز و فرودي که دارند، در يک حرکت تکاملي به سوی آن مقصد حرکت مي‌کنند. فرهنگ، جامعه و شرايط تاريخ، زمينه‌ساز تکامل جامعه و تاريخ هستند.
3. معيار تکامل، ارتقای چيزي است که در انديشه شهید مطهری به «ايمان، رشد آگاهي، رشد آزادي»، و در انديشه علامه مصباح يزدي به «قرب خداوند»، و در انديشه علامه طباطبائي به «دستيابي به سعادت» تعبير شده است.
موضوعي که در اينجا تصريح به آن لازم است، تطبيق اصول فوق با شرايط حداقلي در تکامل جامعه و تاريخ است؛ به اين معنا که اصول فوق، هم با انديشه استاد مطهري سازگار است که براي جامعه به واقعيتي فراتر از افراد اعتقاد دارد و هم با انديشه آيت‌الله مصباح يزدي که اگرچه وجود حقيقي جامعه را انکار مي‌کند، اما براي جامعه وجود اعتباري قائل است و نيز با انديشه استاد مطهري سازگار است که ـ دست‌كم ـ با تکيه بر معيار رشد آگاهي و آزادي، بر تکامل فلسفي تاريخ به‌مثابه يک واقعيت تاريخي صحه مي‌گذارد. همچنین با انديشه علامه مصباح يزدي موافق است که ضمن مردود دانستن تکامل فلسفي تاريخ، آن را صرفاً در دوره‌هايي از تاريخ به‌عنوان يک ميل ـ نه قانون ـ تأييد مي‌کند. بنابراين، وجه جامع و تعريف متفقٌ‌علیه انديشمندان مذکور در خصوص تکامل را مي‌توانيم اين‌گونه مطرح کنيم: «تکامل عبارت است از: «فعليت یافتن ظرفيت‌هاي بالقوه فرد يا جامعه».
به اعتقاد نگارنده، اعم از اينکه حوزة علميه قم را نهاد يا سازماني اعتباري بدانيم که شرايط تاريخي ظرفيت‌هايي را براي به فعليت درآوردن و رشد و حرکت تکاملي آن مهيا کرده است و يا آن را نهادي اجتماعي، عيني و حقيقي بدانيم که به برکت اسلام و تشيع، بهره‌مند از استعدادها و ظرفيت‌هايي از الگوها، باورها، ارزش‌ها و هنجارهایی را براي رشد و تکامل تاريخي فراهم آورده است، در هر دو صورت، حوزة علميه قم در دوره تاريخ معاصر ايران، مسير تکاملي مشخصي را طي کرده است.
ظرفيت‌هاي مذکور ـ هرچند به صورت ناقص ـ در نهاد کليسا، حوزه‌هاي علمي سنّي و حوزه‌هاي علمي شيعي در عراق وجود دارد؛ اما به‌طور قطع، تام و تمام آن و به کيفيتي که در حوزة علميه شيعه قم وجود دارد، در هيچ‌يک از نهادهاي ديني و مذهبي مشاهده نمي‌شود. مهم‌ترين اين ظرفيت‌ها ظرفيت‌هاي فرهنگي، اجتماعي، سياسي و تمدني است که از طريق دال‌هاي مرکزي، توحيدگرايي، عقلانيت، بصيرت و آگاهي، انتظار، شهادت، و نگرش سياسي و اجتماعي به دين و ولايت، خودنمايي مي‌کند.
درواقع، حوزة علميه قم از همان آغاز تأسيس، زماني که آيت‌‌الله حاج عبدالکريم حائري يزدي آن را بنا نهاد، همچون انساني که از آغاز ظرفيت‌هاي بالقوه يک انسان کامل را با خود دارد، همه ظرفيت‌هاي تبديل شدن به يک حوزه کامل را به همراه داشت. آنچه لازم داشت شرايط و زمينه‌هايي بود که ظرفيت‌هاي مذکور را به فعليت برساند. از مهم‌ترين زمينه‌ها، فرهنگ عمومي حاکم بر جامعه ايران بود.
بدین‌سان، حوزة علميه قم در دوره آيت‌الله حائري وجود فرهنگي يافت و در دوره آيت‌‌الله بروجردي وجود اجتماعي پيدا نمود و در دوره مرجعيت امام خميني وجه سياسي خود را به‌روزرساني کرد و در این دوره و دوره آيت‌‌الله خامنه‌اي وجه تمدني خود را آشکار ساخت.
وجودهاي فعليت‌يافته مذکور چيزي نبود، جز همان وجود‌هاي بالقوه که حوزة علميه قم در آغاز با خود به همراه داشت. به‌عبارت ديگر، حوزة علميه قم از همان زمان تأسيس، با توجه به آموزه‌هاي شيعي ـ اسلامي و ميراث علماي شيعه، همه ذخيره‌هاي فرهنگي، اجتماعي، سياسي و تمدني را با خود به همراه داشت. منتها، شرايط و زمينه‌هاي سياسي ـ اجتماعي لازم داشت تا حوزه و مرجعيت با درايت و خردمندي در تحقق فعليت‌هاي مذکور، يکي پس از ديگري تلاش کنند.
2. فرايند تکامل حوزة علميه قم
تکامل حوزة علميه قم زماني واقعي‌تر رخ مي‌نماياند که آن را با جريان‌ها و نهادهاي ديگر معاصر ايران مقايسه کنيم. تقريباً معاصر جريان حوزه و نهاد مرجعيت، دو يا سه جريان ديگر فرهنگي ـ سياسي ـ اجتماعي وجود داشت:
1. جريان مارکسيستي که شاخص‌ترين وجه آن «حزب توده» بود و از موج گسترده اشاعه تفکرات مارکسيستي در جهان و پشتيباني‌هاي دو بلوک شرق و غرب بهره مي‌برد.
2. جريان «جبهه ملي» و «نهضت آزادي» که در نهايت، اعتقادي به حضور مذهب در سياست و اداره مملکت با استفاده از احکام و ارزش‌هاي مذهبي نداشتند.
3. جريان فرعي و کم‌رمق در حوزة علميه قم (مکتب «تفکيک» و «انجمن حجتيه») که به علت عدم اعتقاد به حضور دين و مرجعيت در سياست، با اعتقاد به جدایی دین از سیاست (سکولاريسم)، عملاً فاقد ظرفيت‌هاي لازم براي تکامل بود.
بررسي تاريخي و عواقب جريان‌هاي مذکور نشان مي‌دهد هيچ‌یک از اين جريان‌ها، ظرفيت‌ها و استعدادهاي لازم را براي براي تکامل در زمينه اجتماعي و سياسي تاريخ معاصر ايران نداشته‌اند.
اما جريان «حوزه و مرجعيت» با همه فراز و فرودهايي که داشت، توانست سهم قابل‌توجهي از تأثير بر تحولات سياسي در دوره تاريخ معاصر ايران را به خود اختصاص دهد. تأثير حوزة علميه، مرجعيت شيعي و جريان مذهبي در تحولات سياسي با توجه به موقعيت‌ها و شرايط سياسي ـ اجتماعي کشور، روند و آثار متفاوتی داشته است.
آيت‌‌الله حائري يزدي، مؤسس حوزة علميه قم، به‌درستي تشخيص داد که براي پويايي و فعال‌سازي جريان مذهبي که به‌سبب حوادث مشروطيت و فضاي اختناق و ضدمذهبي رضاخان دچار رکود شده بود، چاره‌اي جز تربيت و آماده‌سازي نيروهاي انساني با هدف فعاليت‌هاي مذهبي ندارد. با رحلت آيت‌‌الله حائري يزدي در سال 1315 هرچند مرجعيت جهاني شيعه خارج از ايران و در اختيار حاج سيدابوالحسن اصفهاني بود، اما در ايران مرجعيت شيعه در اختيار مراجع ثلاث (آيات: آقامحمدتقي خوانساري، سيدصدر‌الدين صدر و سيدمحمد حجت کوه‌کمره‌اي) قرار گرفت.
با رحلت آيت‌‌الله حاج سيدابوالحسن اصفهاني در سال 1325 به واسطه کوشش‌هايي که توسط افرادي نظير امام خميني و همراهي مراجع ثلاث انجام گرفت،  آيت‌‌الله بروجردي به‌عنوان رأس جريان مذهبي، کار خود را آغاز کرد. به‌طورکلي حوزة علميه در دوره مرجعيت آيت‌‌الله بروجردي را مي‌توان در مقايسه با دوره قبل و دوره‌هاي بعد از ايشان، مرحله‌ دوم از مراحل چهارگانه‌اي‌ در نظر گرفت که طي آن با انتقال از مرحله فرهنگي به مرحله اجتماعي شدن، فرايند تکاملي را طي کرد و از سوي ديگر، خود زمينه انتقال از مرحله اجتماعي به مرحله سياسي شدن حوزه در زمان مرجعيت امام خميني‌ را فراهم ساخت.
روند تکاملي حوزة علميه قم به مرحله سياسي شدن حوزه متوقف نشد. اوج روند تکاملي حوزة علميه قم در دهه آخر حيات امام خميني‌ و در زمان مرجعيت آيت‌‌الله خامنه‌اي با ورود حوزة علميه قم به تمدن‌سازي انجام گرفت که مي‌توان از آن به مرحله «تمدني شدن حوزه» تعبير کرد. مراحل چهارگانه مذکور را مي‌توان به‌مثابه رشد آگاهي تفسير کرد.
هریک از اين چهار مرجع با هدف حفظ و گسترش تشيع، شيوه‌اي را دنبال کردند و به نظر مي‌رسد با توجه به شرايط سياسي ـ اجتماعي که در آن زندگي مي‌کردند، بهترين شيوه بود. موفقيت شيوه‌هاي انتخاب‌شده شايد از نظر کساني که در همان دوره‌ها زندگي مي‌کردند اشتباه يا مبهم به نظر مي‌رسيد، ولي در اين تحليل براي کسي که بر فراز تاريخي چهار مرحله ايستاده است و همه آن دوران را در ارتباط با يکديگر ملاحظه مي‌کند، فرايندی تکاملي است که هریک از مراحل آن، همچون خدّ و خال و ابرو، به‌درستي در جاي خود در تاريخ معاصر ايران چيده شده است.
به دليل همين ارتباط و به‌هم‌پيوستگي جريان حوزة علميه و مرجعيت، مناسب‌ ديده شد که نقش و تأثير اين جريان در يک خط پيوسته از زمان آيت‌‌الله حائري تا امام خميني و آيت‌الله خامنه‌اي بررسی گردد. به‌عبارت ديگر تعيين نقش آيت‌‌الله بروجردي در دهه 1332 تا 1342 نمي‌تواند بدون سابقه و لاحقه بررسي شود؛ زیرا آيت‌‌الله بروجردي کامل‌کننده جرياني بود که توسط آيت‌الله حائري شروع گرديد و توسط امام خميني به‌عنوان آغازگر حرکتي جديد در روند تکاملي مرجعيت در سال‌هاي پاياني دهه 1332 تا 1342 به اوج رسيد.
با قدري تسامح مي‌توان دوره‌هاي يادشده يا روند تکاملي حوزة علميه را در چهار مرحله ذیل بيان کرد:
1-2. مرحله فرهنگي: تأسيس نهاد مذهبي حوزة علميه، فارغ از دغدغه‌هاي اجتماعي و سياسي
حاج شیخ عبدالکريم حائري مقيم کربلا بود، تا اينکه خداوند در دل او ‌انداخت برای انجام نذري که کرده بود عازم مشهدالرضا گردد، و چون به ايران ‌آمد، بدون اينکه از قبل قصد توقف و ماندن در ايران داشته باشد، تکليف شرعي، او را مجبور به ماندن در ايران ‌کرد. او در شب نيمه ‌شعبان، مقارن با شب عيد نوروز به قم وارد و حوزة علميه قم را تأسيس ‌کرد، درحالي‌که پيش از آن مدارسي مانند «فيضيه»، «رضويه» و «جهانگيرخان» به‌طورکلي از رونق افتاده بودند. بدین‌روی او را «آيت‌‌الله مؤسس» لقب دادند. 
وجود فرهنگي حوزة علميه قم، ميراث فکري ـ فرهنگي ـ سياسي آيت‌‌الله حائري و تني چند از عالمان شيعه مقيم ايران، مانند شیخ محمدتقي بافقي و برخي از شاگردان او ازجمله سيداحمد خوانساري، سيدروح‌الله خميني، سيدمحمدرضا گلپايگاني و محمدعلي اراکي است. آيت‌‌الله حائري شاگرد مرحوم ميرزاي شيرازي و شيخ فضل‌الله نوري و تني چند از استادان ديگر است.
شیخ محمدتقي بافقي نقش مهمي در تأسيس حوزة علميه قم داشت. او از مخالفان سرسخت رضاشاه بود. اعتراض او به همسر رضاشاه و برخي زنان دربار که در مراسم تحويل سال بي‌حجاب در حرم حضرت معصومه ظاهر شده بودند، معروف است. شاگردان او، به‌ويژه امام خميني، رهبر انقلاب اسلامي و بنيانگذار جمهوري اسلامي، آيت‌‌الله اراکي و آيت‌‌الله گلپايگاني، مرجعيت شيعه را براي بعد از دوره آيت‌‌الله بروجردي در اختيار داشتند. بنياد فرهنگي حوزة علميه قم ميراث عناصر فکري ـ فرهنگي ـ سياسي مجموعه عالمان و فضلاي آن عصر است.
شرايط استبدادي و سخت‌گيري‌هاي بيش از اندازه رضاشاه برای از بين بردن هر آنچه صبغه مذهبي داشت چنان بود که جز حلم و صبوري حاج شيخ عبدالکریم حائری در تحمل مشکلات، چیزی نمي‌توانست در حفظ و حراست از اين بنياد فرهنگي نوپا مؤثر باشد.  اين سخن از آيت‌‌الله اراکي است که فرمود:
در اين موقعيت که رضاخان هر حرکتي که از يک گوشه اين مملکت پيدا مي‌شد فوري محرک را يا تبعيد مي‌کرد يا به دار مي‌کشيد، جز حلم حاج شيخ عبدالکريم هيچ چيز ديگري جلوگيري از آسيب رضاشاه به حوزه نمي‌کرد... 
حاج شيخ عبدالکريم حائری به‌خوبي تشخيص داده بود که بهترين کار سياسي در آن موقعيت، حفظ حوزة علميه از متلاشي شدن آن توسط رضاخان است.
[رضاخان] از قرار حرکاتي که انجام مي‌داده، از قبيل کشف حجاب و سختگيري به اهل عمائم و لباس متحدالشکل و امثالهم، حاج شيخ عبدالکريم هم به جهت اينکه حوزه از هم نپاشد صلاح نمي‌ديد که با رضاخان به طور خصمانه برخورد کند... رفتار حاج عبدالکريم باعث گرديد که اصل حوزه محفوظ بماند و توطئه‌اي که... از طرف رژيم براي انحلال حوزه طرح‌ريزي شده بود، خنثا گرديد. 
رضاخان رفت و همان‌گونه که حاج شيخ عبدالکریم با اشک و گريه گفته بود: مَثَل حوزه مَثَل صداي اذان از مأذنه بعد از رحلت رسول خدا بود که بايد مي‌ماند و به تربيت و پرورش طلاب مي‌پرداخت. اين سخن از آيت‌‌الله اراکي است که فرمود: «آقاي خميني از قم مبعوث شد، در اثر حوزة علميه‌اي که آقاي حائري منعقد کرده بود... .» 
براساس يک گزارش تعداد طلاب حوزة علميه قم در سال 1326 تقريباً مقارن با آغاز مرجعيت آيت‌الله بروجردي دو هزار تن بوده است. 
2-2. مرحله اجتماعي: اجتماعي شدن حوزة علميه، فارغ از دغدغه‌هاي سياسي
1-2-2. توسعه کمّي و کيفي حوزة علميه قم
روندي که از حاج شيخ عبدالکريم آغاز شده بود توسط آيت‌‌الله بروجردي ادامه يافت، ولي به آن اکتفا نشد. آنچه از آيت‌‌الله حائري به يادگار مانده بود به رشد کمّي و کيفي خود ادامه داد. مرحوم دواني درباره تحول کيفي و کمّي حوزة علميه قم در زمان آيت‌‌الله بروجردي مي‌نویسد:
علاوه بر افزايش مدرسين، حوزه‌هاي درسي و محصلين علوم ديني، تحول بزرگ و بي‌سابقه‌اي نيز در چگونگي تربيت شاگردان اين دانشگاه بزرگ روحاني پديدار شد. بدين‌ترتيب که نسل جديدي از روحانيون و طلاب پرورده شدند که بسيار روشنفکر، قادر به فهم تحولات علمي و اجتماعي، موقع‌شناس و آشنا به سياست جهاني و علوم جديدند. 
اين دسته ظاهرشان آراسته‌تر از گذشتگان و معلوماتشان مفيدتر و براي معرفي حقيقت اسلام و شيعه به جهانيان نيز صلاحيتشان محرز است. 
مرحوم دواني نسل تربيت‌شده در زمان مرجعيت مرحوم بروجردي را دقيق‌تر از نسل گذشته و آنها را در زمینه نويسندگي و نشر مقالات، کتب و مجلات، تواناتر و نيز آشنايي‌شان را با مسائل سياسي و اجتماعي، چه در بعد ملي و چه در بعد جهاني بيش از زمان گذشته ارزيابي مي‌کند. 
2-2-2. توسعه نفوذ مذهب و ارزش‌هاي ايماني در جامعه
شخصيت آيت‌‌الله بروجردي به‌گونه‌اي بود که اسلام و مسلماني را به جامعه ايران تزريق و اذهان مردم را متوجه چيزي به نام «حوزة علميه قم»، «مرجعيت»، «رابطه اجتهاد و تقليد» و «ارزش‌هاي اسلامي» کرد و اين بخش ديگري از ظرفيت‌ها و استعدادهايي بود که حوزة علميه قم در نهاد خود به صورت بالقوه به همراه داشت.
اگر در دوره شيخ عبدالکريم حائری حوزة علميه و جريان مذهبي بيشتر محصور به نهاد فرهنگي حوزه شده بود، حوزة علميه و «مرجعيت در اين دوره با رهبري‌هاي آيت‌‌الله بروجردي، دامنه نفوذش را با تکيه بر مفاهيم سياسي ـ مذهبي شيعه در جامعه گسترش داد... .» 
آنچه در اين زمینه مؤثر بود علاوه بر گرايش‌هاي اجتماعي و جهاني ايشان که در اقدامات او در اين دوره به شکل‌هاي گوناگون، از قبيل ساخت مساجد، مدارس، تقريب مذاهب اسلامي، اعزام نمايندگان به خارج، توسعه شبکه ارتباطي «وکالت» و از همه مهم‌تر اعزام فضلاي حوزه براي تبليغ مفاهيم اجتماعي و سياسي شيعه با برجسته کردن و بهره‌گيري از مناسبت‌هاي ماه‌هاي محرم، صفر و رمضان خودنمايي مي‌کند، دو عامل ديگر را مي‌توان مطرح کرد:
1. ابهت و عظمت شخصيت ايشان که حاصل سلوک مذهبي و عرفاني ايشان در بعد فردي است.
2. اهتمام به امور مذهبي مسلمانان و دلسوزي به حال آنان که در نتيجه، ایشان را محبوب دل مردم ساخته بود.
مرحوم دواني مي‌گويد:
به عقيده من از علل محبوبيت فوق‌العاده ايشان ميان تمام طبقات، همين دلسوزي و علاقه‌مندي آن مرحوم نسبت به مصالح اسلامي بود.
بزرگ‌ترين صدمه روحي و ناراحتي فکري براي ايشان موقعي بود که بشنوند در فلان ناحيه براي جمعي از مسلمين اتفاق ناگواري روي داده، يا به مقدسات اسلامي بي‌ادبي شده يا نسبت به فلان روحاني و اهل علم اسائه ادب شده، يا مي‌خواهند فلان تظاهر ناروا و خلاف بنمايند، يا فرضاً مي‌خواهند زن‌ها و دختران مسلمان را به رژه ببرند یا به فلان فرقه ضاله که عليه مصالح اسلام و مملکت عمل مي‌کند، آزادي عمل داده شده... . 
مجموعه فعاليت‌هاي آيت‌‌الله بروجردي حوزة علميه قم را اجتماعي کرد و به درون جامعه برد و از رهگذر آن ايمان ديني و مذهبي را به درون زندگي فردي و اجتماعي مردم وارد ساخت و در مقابل، مردم احساس کردند آيت‌‌الله بروجردي نماد تمام‌نماي ايمان شيعي آنان است. به واقع، رابطه با حوزه و مرجعيت بود که به ايمان و شيعي بودن آنان معنا و محتوا مي‌بخشيد و بدون مرجعيت تشيع، علوي بودن و ولايي بودن معنایی نداشت. در گفتار و کردار او مهرباني، محبت و ايمان را مي‌يافتند و همين امور از آيت‌‌الله حائری چهره‌اي مردمي، اما مذهبي و ايماني ساخته بود که موجب مي‌شد مردم از نگاه او تبرک جويند و او را تقديس کنند. به واقع، مردم در دل او محبوب بودند و او در دل مردم محبوب بود.
با همه اين اوصاف، آيت‌‌الله بروجردي را در توصيف به يکي از دو اصطلاح «سياست‌گريز» و «سياست‌پذير» به اصطلاح اول نزديک‌تر دانسته‌اند. به فرض که چنين باشد، به همان علت که درباره سلف صالح ايشان، آيت‌‌الله حائري گفته شد، نمي‌توان اين سياست‌گريزي را ـ به معنايي که آنان اراده مي‌کنند ـ نقصي بر سياست‌ورزي ايشان دانست. در شرايطي که ايشان داشت، بهترين مشي سياسي، تربيت نيروهاي انساني و نيز اجتماعي کردن ارزش‌هاي ديني و نهادينه ساختن رابطه اجتهاد و تقليد در جامعه بود.
برداشت کلي رسول جعفريان از وضعيت حوزة علميه قم در دوره آيت‌‌الله بروجردي و تأثيرات آن چنين است:
در مجموع، بررسي وضعيت عمومي حوزة علميه قم در دوره آيت‌‌الله بروجردي که مجتهدي روشن و خردمند بود، نشان مي‌دهد که حوزه يادشده رشد کرد؛ رشدي که به‌عنوان يک جنبش فرهنگي، پيش‌درآمد جنبش سياسي است که از سال 1340–1341 به بعد در قم شاهد آن هستيم. 
جعفريان مهم‌ترين فعاليت‌هاي اين جنبش اجتماعي ـ فرهنگي را «تقويت جايگاه دين و مذهب در جامعه» مي‌داند و مي‌گويد:
از همه اينها (فعاليت‌ها) مهم‌تر ترميم و تقويت جايگاه دين و مذهب و مرجعيت در جامعه بود که طي چهار دهه تبليغات توسط رضاخان و منورالفکرها و استبداد منور، شديداً آسيب ديده بود. 
بايد حوزة علميه مرحله‌اي ديگر را در روند تکاملي خود طي مي‌کرد تا ضمن اينکه خود رشد مي‌کند، جامعه‌اش را هم بسازد تا در مرحله بعد بتواند با صلابت بيشتري وارد فاز مسائل سياسي شود. اگر آيت‌‌الله بروجردي توانسته باشد به چنين هدفي دست يابد، به واقع سياسي‌ترين فرد زمان خود بوده است. پديده تشييع جنازه او و نيز محصولي را که امام خميني از حوزة علميه و جامعه اسلامي برداشت کرد، نشان داد که در اين هدف موفق بوده است. به‌عبارت ديگر در دوره آيت‌‌الله بروجردي حوزة علميه قم توانست خودش را بسازد و تا حد زيادي جامعه‌اش را نيز بسازد، هرچند براي پختگي کامل و آماده شدن براي ورود در مسائل سياسي، بايد دوره کارآموزي و کارورزي را براي يک دوره 15 ساله طي مي‌کرد. مهم‌ترين نشانه بر عدم آمادگي جامعه براي ورود در مبارزات سياسي، حوادث پانزده خرداد 1342 در مقايسه با بهمن 1357 است.
در کنار عوامل يادشده عوامل ديگري نيز براي پرهيز آيت‌‌الله بروجردي از رودررويي مستقيم با رژيم ذکر کرده‌اند؛ ازجمله اين عوامل مي‌توان به دو نمونه ذیل اشاره کرد:
1-2-2-2. نگراني از روي کار آمدن کمونيست‌هاي توده‌اي
به اعتراف تمام تاريخ‌نويسان اين دوره «حزب توده تنها تشکل حزبي در ايران بود که از سازماندهي درست، تشکيلات کارآمد و فعاليت سراسري در کشور برخوردار بود».  اين حزب «با مخفي کردن ايدئولوژي خود و حتي ارج نهادن به شعائر مذهبي، استفاده از نارضايتي‌هاي موجود در ميان مردم و مبارزه مستمر در جهت بهبودي شرايط اقتصادي، توانست توجه اقشار مختلف جامعه را به سوي خود جلب کند».  فعاليت‌هاي «حزب توده» و نفوذ آن در ادارات، کارخانه‌ها و به‌ويژه در ارتش چنان بود که نشان مي‌داد تهديد جدي است و در ديدگاه آيت‌‌الله بروجردي تضعيف شاه مي‌توانست زمينه قدرت‌گيري «حزب توده» را فراهم سازد.
مرجعيت شيعه در اين دوره با رهبري‌هاي آيت‌‌الله بروجردي، دامنه نفوذش را با تکيه بر مفاهيم سياسي ـ مذهبي شيعه در جامعه گسترش داد و به اين دليل که در جريان نهضت ملي، از روي کارآمدن کمونيست‌هاي توده‌اي هراس داشت، در جريان کودتا بي‌تفاوت ماند و حتي در برابر بازگشت شاه به قدرت که آن را مانعي بر سر راه بي‌ديني کمونيست‌ها و حکومت وحشت آنان مي‌ديد، سکوت کرد. 
2-2-2-2. نگراني از تکرار حوادث مشروطيت 
به‌رغم اشتغال آيت‌‌الله بروجردي به مسائل حوزه، نهادينه کردن مذهب در جامعه (اجتماعي کردن ارزش‌هاي ديني) و نيز نگراني‌هاي يادشده، چنين نبود که ايشان نسبت به امور سياسي روزمره بي‌توجه باشد. ایشان از چنان منزلت اجتماعي و جايگاه ديني برخوردار بود که رژيم جرئت اهانت به مذهب و نمادهاي مذهبي را نداشت. به‌طورکلي مي‌توان مشي سياسي آيت‌‌الله بروجردي را در گفته خود او که در برابر نماينده ساواک در سال 1336 اظهار داشته است خلاصه کرد: «من به امور مملکتي هيچ‌گونه دخالتي نمي‌کنم. من فقط روي امور شرعي دخالت مي‌نمايم».  قاطعيت آيت‌‌الله بروجردي در پي‌گيري اين خط و حساسيت نشان دادن روي برخي خطوط قرمز، رژيم را نيز متوجه ساخته بود که نبايد وارد آنها شود، وگرنه او حتماً واکنش نشان خواهد داد.
قرائن متعددي وجود دارد که شاه و رژيم او تا زماني که آيت‌‌الله بروجردي در قيد حيات بود اين توان را در خود نمي‌ديد که بخواهد از طرح‌ها و نقشه‌هايش براي غربي کردن کشور رونمايي کند. به تأخير انداختن طرح «انجمن‌هاي ايالتي و ولايتي» تا زمان وفات آيت‌‌الله بروجردي و نيز تلگراف تسليت به آيت‌‌الله حکيم به منظور بيرون بردن مرجعيت از ايران و رهايي از سيطره مرجعيت، نمونه‌هايي از عمق تأثير ايشان در جلوگيري از پرده‌دري‌هاي رژيم در مواجهه با ارزش‌هاي اسلامي و شيعي است.
پيگيري نقاط اصطکاک رژيم با آيت‌‌الله بروجردي نشان مي‌دهد که رژيم هرچه به خطوط قرمز آيت‌‌الله بروجردی نزديک‌تر مي‌شد، واکنش‌هاي آيت‌‌الله بروجردي نيز شديد‌تر مي‌گردید. 
به‌طورکلی اعتراضات آیت‌الله بروجردي به رژيم در جلوگيري از اقدامات نابجای او، در خصوص موارد ذیل بود:
1. جلوگيري از سختگيري‌ها و اعمال زندان و شکنجه عليه برخي شخصيت‌هاي روحاني نظير آیت‌الله کاشاني  و آیت‌الله خزعلي؛ 
2. اعتراض شديد به «لايحه اصلاحات ارضي»؛
3. طرح لزوم نظارت علما بر مصوبات مجلس مبتني بر اصل دوم متمم قانون اساسي؛
4. اعتراض به واگذاري حق امتياز تلويزيون به حبيب‌الله ثابت بهايي؛
5. اعتراض به حق آزادي زنان؛
6. اعتراض به حضور بي‌حجاب دختران در مراسم رژه؛
7. اعتراض به لغو تعدد زوجات؛
8. اعتراض شديد به گسترش فعاليت مؤسسات وابسته به يهوديان و بهاييان. 
3-2. مرحله سياسي: سياسي شدن حوزة علميه و رويارويي مستقيم با رژيم
در روزگار مرجعيت آیت‌الله بروجردي اگرچه بدنه اصلي حوزه از ورود مستقيم به مسائل سياسي منع مي‌شد، اما همزمان نسلي از طلاب و روحانيت تربيت شدند که مي‌توان آنها را پيش‌درآمد دوره بعدي براي ورود حوزه به مسائل سياسي و رويارويي مستقيم با رژيم معرفي کرد. چنان‌که گفته شد، در مجموع، حوزة علميه قم در دوره آيت‌الله بروجردي به‌گونه‌اي رشد کرد که به‌عنوان يک جنبش فرهنگي ـ اجتماعي، پيش‌درآمد جنبش سياسي قرار گرفت که از سال 1340ـ1341 به بعد در قم شاهد آن هستيم. 
درس تفسير و فلسفه علامه طباطبائي و مرحوم محقق داماد و از همه مهم‌تر حوزه درسي امام خميني در ايجاد گرايش‌هاي سياسي و ورود به مباحث انديشه‌اي از همه مهم‌تر و مؤثرتر بود.  با وجود این دسته از فضلا در سياست، بايد برگي ديگر از تاريخ مرجعيت ورق مي‌خورد تا اين‌ بار حوزة علميه پس از خودسازي و ورود به جامعه مدني، خيز ديگري در جهت توسعه در روند تکاملي جامعه شيعي بردارد.
به‌طورکلي در پايان عصر مرجعيت آيت‌الله بروجردي و در طليعه دوره جديد مرجعيت، چهار نوع گرايش در ميان روحانيت حوزه در نسبت با مسائل سياسي وجود داشت:
1. گرايش وابسته: بيشتر آنان از روحانيان درجه دوم و سوم بودند.
2. گرايش به پرهيز از سياست: صاحبان اين گرايش تقدس‌گرا ـ و گاه ولايتي ـ بودند و تقدس‌گرايي آنان را به پرهيز از سياست وامي‌داشت.
3. ميانه‌روي در سياست: صاحبان اين گرايش در عين مخالفت با پهلوي و مظاهر فساد آن، حاضر به ورود در يک مبارزه قهرآميز و تند نبودند.
4. سياست‌گرايي و سياست‌پذيري: امام خميني و ياران فراوانش از ميان جمع کثيري از شاگردان ایشان، مرحوم محقق داماد و مرحوم آیت‌الله بروجردي وارد عرصه سياست و مبارزه قهرآميز با رژيم شدند.
حوزة علميه در چنين وضعيتي براي ادامه روند تکاملي خود، چاره‌اي جز اين نداشت که شرايط لازم را براي سياسي‌ کردن جامعه فراهم نمايد. مهم‌ترين شرط ـ به طور قطع ـ وجود مرجعيتي بود که علاوه بر داشتن شرايط علمي، داراي شرايط ديگري از قبيل درک عميق سياسي از اسلام، آگاهي به اوضاع و احوال سياسي، تدبير سياسي و از همه مهم‌تر، شجاعت در برخورد با مسائل سياسي داشته باشد.
به نظر مي‌رسد همان‌گونه که خداوند آیت‌الله حائري و آیت‌الله بروجردي را براي شرايط ويژه عصر خودشان ذخیره کرده بود، براي شرايط اين دوره نيز امام خميني را در نظر گرفته بود.
اگرچه بعد از درگذشت آیت‌الله بروجردي در سال 1340، مرجعيت شيعه براي مدتي گرفتار تشتت شد و به‌ويژه شاه دوست داشت مرجعيت از ايران به عراق انتقال پيدا کند، ولي درست برخلاف خواسته شاه، بسياري از فضلاي کشور به دنبال آن بودند که از ميان علماي داخل کشور فردي را برگزينند. در آن موقعيت زماني، علاوه بر امام خميني آيات ديگري همانند گلپايگاني، مرعشي نجفي و شريعتمداري در قم، مرحوم سيداحمد خوانساري در تهران و آیت‌الله ميلاني در مشهد حضور داشتند؛ ولي تلاش‌هاي فضلا و روحانياني که در عرصه سياست و اجتماع تلاش جدي داشتند، علي‌رغم ميل باطني امام خميني، ایشان را در مرکز توجه قرار داد.
امام خميني معتقد بود: خط مرجعيت از فرصت‌هاي به‌وجودآمده، بعد از رفتن شاه خوب استفاده نکرده است. با درخشش فوق‌العاده‌اي که از خود نشان دادند، مرحله‌اي تاريخي را در روند سياسي‌ کردن جامعه با هدف نه‌تنها مبارزه قهرآميز با اساس نظام شاهي و الغاي حکومت شاهنشاهي، بلکه تأسيس نظامي با معيارهاي اسلامي آغاز کردند.
امام خميني در اول مهر 1281 مطابق با 20 جمادي الثاني 1320ق، يعني سه سال پيش از مشروطه متولد شد و بر اين اساس در کودتاي 1299 رضاخان 18 ساله بود. نخستين برخورد ایشان با رضاخان در 15 ارديبهشت سال 1323، سه سال بعد از سقوط رضاشاه با صدور اطلاعيه‌اي صورت گرفت که ضمن آن مردم و روحانيت به قيام براي خدا و مبارزه با بدعت‌ها و ظلم‌هاي رضاخاني دعوت شدند. 
درگيري‌هاي امام خميني با رژيم با اوج و فرود همچنان ادامه داشت و ايشان با اينکه با آیت‌الله بروجردي در نحوه برخورد با رژيم و اداره حوزة علميه قم اختلاف داشت، اما با رعايت احترام نسبت به ایشان، فعاليت‌هاي سياسي خود را در دستگاه آیت‌الله بروجردي ادامه داد. بنابراين امام خميني در زمان رحلت آيت‌الله بروجردي توانست تجربه ارزشمندي از نقاط قوت و ضعف دو سوي درگيري روحانيت و رژيم را بیندوزد. بر همين اساس فرمود:
مسلماً همه شما شاهد نبوديد ـ از باب اينکه جوان هستيد اغلب ـ لکن من از همان زمان، از کودتاي رضاخان تا امروز، شاهد همه مسائل بوده‌ام... . 
امام خميني پيش از اين در پاسخ به يکي از نامه‌هاي شهيد سيدمحمد‌رضا سعيدي مي‌نويسد:
سلف صالح ما فرصت عجيبي را در موقع رفتن سلف خبيث از دست دادند و پس از آن هم فرصت‌هايي بود و از دست رفت تا اين مصيبت‌ها پيش آمد. 
با وجود این، حوادث 15 خرداد 1342 نشان داد امام خميني با دريافت اهميت قدرت مردم در جريان تشييع جنازه آيت‌الله بروجردي و نيز حوادث 15 خرداد، لازم بود حوزه و جامعه‌اي را که توسط آیت‌الله بروجردي اجتماعي و مذهبي شده بود، به لحاظ سياسي آماده کند. فرايند جامعه‌پذيري سياسي حوزه و جامعه توسط امام خميني به مدت 15 سال، از خرداد 1342 تا سال 1356 و 1357به طول انجاميد.
امام خميني بر مبناي تجربيات خود، مذهب را در مرکز و متن فعاليت‌هاي سياسي خود قرار داد.  از سوی ديگر «سياست را به محور اصلي آن، يعني مرجعيت بازگرداند»  و بدین‌سان مذهب و سياست را يکجا جمع کرد.
اکنون مناسب است به وضعيت نظام حاکم برگرديم و شرايط سياسي و اجتماعي را در موقعيت رحلت آیت‌الله بروجردي و ورود امام خميني به اجمال مرور کنيم:
پس از کودتاي 1332 و تقريباً تا سال 1357 رژيم تمام نيروهاي سياسي مزاحم را سرکوب کرد و در نتيجه بر غرور و نخوتش افزوده شده بود. رژيم زمينه را بيش از پيش مهيا مي‌ديد تا طرح‌ها و اقدامات خود را در روند دین‌زدایی از کشور تشديد کند. فشارهاي فزاينده امريکا و اسرائيل براي امتياز گرفتن، به‌ويژه در شرايطي که امريکا با علَم کردن خطر کمونيسم طرح‌هاي ـ به اصطلاح ـ اصلاحي را بر رژيم تحميل مي‌کرد و نيز فساد‌هاي اخلاقي و اقتصادي دروني نظام سلطنتي نيز مزید بر علت شده بود و در مجموع، رژيم را در سراشيبي تندی براي پاک‌سازي مذهبي و استعمار، استحمار و تاراج منابع ملي کشور قرار داده بود.
همزمان آیت‌الله بروجردي و روحانيت بر مخالفت‌ها و نگراني‌هاي خود نسبت به اين اقدامات مي‌افزودند. اگر رژيم در مواردي احتياط مي‌کرد، صرفاً به خاطر وجود آیت‌الله بروجردي بود. طرح «اصلاحات ارضي» که با مخالفت آیت‌الله بروجردي روبه‌رو شد و موقتاً کنار گذاشته شد، نشان مي‌داد که رژيم عزم خود را براي عملياتي کردن اهداف از قبل تعيين‌شده‌اش جزم کرده است. با رحلت آیت‌الله بروجردي تنها مانعي که رژيم احساس مي‌کرد ممکن است در مقابل اقدامات و طرح‌هاي او بايستد، منتفي شد و بدین‌روی رژيم به‌زعم خودش، از وضعيت هراس‌آلود به آرامش رسيد و شرايط را براي اجراي اصلاحات امريکايي فراهم ديد.
در مقابل، امام خميني که تا آن زمان به علت مهيا نبودن شرايط و ازجمله رعايت حرمت مرجعيت، خشم ناشي از 50 سال سکوت را در وجودش حبس کرده بود، پس از حصول قدرت اجتماعي حوزه و انتقال ارزش‌هاي سياسي به آن، شرايط را براي فرياد کشيدن عليه رژيم مهيا مي‌ديد. ازاين‌رو امام خميني با مطرح شدن «اصلاحات ارضي» خروش انقلابي‌اش را بر عليه رژيم را آغاز کرد.
براي نخستين‌ بار پس از مشروطه بود که يک مرجع به صورت قهرآميز، با جرئت و شهامت به دنبال قلع ريشه استبداد، خودکامگي و نظام شاهي برآمده بود. شرايط از همه جهت آماده بود تا امام خميني بخش ديگري از ظرفيت‌هاي بالقوه حوزه را به فعليت آورد و راهي را که آیت‌الله حائري يزدي شروع کرده بود، ادامه دهد و در نهايت، به سرمنزل مقصود برساند.
امام خميني در شرايطي مبارزه با شاه، يعني اساس نظام شاهي ـ نه فرماندار و استاندار يا نخست‌وزير ـ را شروع کرده بود که حوزة علميه به حد قابل قبولي از بلوغ و رشد اجتماعي رسيده بود و مردم نيز در تشييع جنازه مرحوم آیت‌الله بروجردي نشان داده بودند که به مرجعيت و ارزش‌هاي ديني اعتقاد دارند. بنابراين دو مرحله از مراحل جامعه‌سازي توسط دو مرجع قبلي انجام شده بود. آنچه وجود نداشت آموزش سياسي بود که امام خميني با اقدامات تند عليه اساس نظام سلطنتي، نوشتن کتاب، تدريس و يک‌ سلسله سخنراني‌ آغاز کرد.
امام خميني در مقابل اقدامات رژيم در نيمه دوم سال 1341 و سال 1342، يعني طرح «انجمن‌هاي ايالتي و ولايتي» و به دنبال آن طرح «انقلاب سفيد»، سخنراني‌ها و اطلاعيه‌هاي آتشيني صادر کرد که ازیک‌سو موجب مي‌شد ساير مراجع، علما و فضلاي حوزه را با خود همراه کند و از سوی ديگر رژيم را بيش از پيش دچار سردرگمي و دستپاچگي مي‌ساخت.
روز 13 خرداد و نيز 21 مهر سال 1343 را مي‌توان نقاط عطفی در آماده ساختن حوزه و جامعه براي ورود به عرصه مبارزه با نظام شاهي و ريشه‌کني فساد از ايران دانست. امام خميني در طول مدتي که در عراق بود از طريق شاگرداني که تربيت کرد و نيز با طراحي نظام سياسي اسلام مبتني بر نظام امامت و ولايت، با براندازي رژيم پهلوي در سال 1357، جرياني را که با مرحوم آیت‌الله حائري يزدي آغاز شده بود، به اوج رساند و بدین‌سان بخش ديگري از استعدادهاي دروني حوزه را به فعليت رساند.
4-2. مرحله تمدني
تمدن وقتي جدای از فرهنگ به‌کار رود، چيزي جز به فعليت درآوردن و به عينيت درآمدن ذخيره‌ها و استعدادهاي نهفته در فرهنگ نيست.  گويا همه آنچه در تمدن به صورت نظام‌های سياسي، اجتماعي، اقتصادي و فرهنگي و نيز تکامل‌هاي فناورانه به صورت عيني تحقق مي‌يابد از اول در فرهنگ به صورت انتزاعي وجود داشته است. عناصر فرهنگي حوزة علميه از زمان تأسيس، همه عناصر تشکيل‌دهنده مؤلفه‌هاي تمدني را در خود به همراه داشت. فرايند سه مرحله‌اي پيش‌گفته با انقلاب اسلامي، زمينه تحقق تمدني را فراهم ساخت که از آن به «تمدن نوين اسلامي» تعبير مي‌شود.
بعد نرم‌افزاري اين تمدن با طراحي نظام سياسي مبتني بر نظام ولايت فقيه در قبل از انقلاب اسلامي توسط امام خميني براساس آموزه‌هاي کلامي و فقهي اسلام پي‌ريزي شد و بعد از انقلاب اسلامي، با حضور مؤثر حوزة علميه، ارکان نظام سياسي تمدن اسلامي شکل عيني گرفت. قانون اساسي با حضور مؤثر رهبران حوزه تدوين شد و با رأي قاطع مردم تثبيت گرديد. مجتهدي از مجتهدان حوزه، به‌مثابه ولي‌فقيه بر رأس ارکان سياسي، مديريت و هدايت کشور قرار گرفت. مبتني بر قانون اساسي، مديريت اجرايي کشور با امضاي ولي‌فقيه، مشروعيت مي‌يابد و حتي تداوم مشروعيت الهي رهبري توسط جمعي از فقهاي حوزه رصد و پايش مي‌شود. رئیس قوه قضائيه و فرمانده کل نيروهاي مسلح توسط ولي‌فقيه منصوب مي‌گردد.
مطابق تعريفي که از «تمدن» ارائه گرديد، تمدن‌ مرحله‌اي متأخر از مراحل نظام‌سازي، دولت‌سازي و جامعه‌سازي نيست، بلکه صورت عيني فرهنگ است و به هر اندازه که الگوها، ارزش‌ها، هنجارها و سبک زندگي فرهنگ شيعي و اسلامي به عينيت درآيد، تمدن اسلامي تحقق يافته است. بنابراين، فرايند اجتماعي شدن و سياسي شدن حوزة علميه قم دو مرحله مقدماتي از تمدني شدن حوزة علميه قم محسوب مي‌شود که با ورود به مرحله نظام‌سازي و دولت‌سازي، به يکي ديگر از مراحل عالي تمدن‌سازي ورود پيدا مي‌کند. حوزة علميه، به‌ويژه با حضور مؤثر آیت‌الله خامنه‌اي توانسته است در عرصه ملي، منطقه‌اي و جهاني، درصدهاي قابل‌توجهی از فرهنگ حوزه شيعي و اسلامي را به مرحله تحقق تمدني برساند. پيشرفت‌هاي فناورانه جمهوري اسلامي در عرصه پزشکي، دفاعي، هوافضا، نانو و مانند آن و گسترش گفتمان‌هاي مردم‌سالاري ديني، «نه شرقي ـ نه غربي»، مقاومت و گفتمان تمدني انقلاب اسلامي، جهان اسلام و جهان چندقطبي ظهورات تمدني در اين دوره است و البته براي دستيابي به وجه عالي تمدن اسلامي راه درازی در پيش است.
نتيجه‌گيري
1. بررسي تاريخ معاصر حوزة علميه قم حاکي از سير تکاملي اين نهاد اجتماعي است. صرف‌نظر از ارزشمندي ذاتي اين سير تکاملي، ارزشمندي ديگري وجود دارد که معطوف به منابع و سرچشمه‌هاي اين سير تکاملي است. هيچ سير تکاملي بدون وجود منابع و ظرفيت‌هاي بالقوه کمال‌جويانه انجام نمي‌گيرد. به‌عبارت ديگر، فعليت‌ها هميشه ريشه در بالقوه‌ها دارند و تا ظرفيت‌هاي بالقوه از وجه مثبت، کمالي و ارزشي برخوردار نباشند، سير تکاملي انجام نمي‌گيرد.
2. حوزة علميه قم با تکيه بر ظرفيت‌ها و استعدادهاي بالقوه خود، دوره‌اي از تکامل را که طي فرايند چهار مرحله‌اي انجام شده طي کرده ‌است.
3. برخورداري حوزه از ظرفيت‌هاي تمدني به معناي سرنوشت محتوم، گريزناپذير و جبري تمدني نيست، بلکه همواره نيازمند مديريت و پايش بزرگان حوزه و زمينه‌هاي اجتماعي و سياسي است.
4. حوزة علميه قم همواره در کنار خود، از رقباي قدرتمندي در داخل و خارج ايران برخوردار بوده است؛ اما نه رقباي داخلي (مانند جريان‌هاي روشنفکري) و يا جريان‌هاي غیرمذهبي، و نه همگنان خارجي (مانند حوزه‌هاي علمي سني و شيعي) ظرفيت‌هاي لازم براي تکامل و تمدن‌سازي را نداشته‌اند، بلکه بعضاً روندي ضدتکاملي و ضدتمدني را دنبال کرده‌اند.
5. بخشي از حوزة علميه که در دهه چهارم انقلاب اسلامي از طريق قهر کردن با نظام و انقلاب اسلامي بر طبل جدايي دين از سياست مي‌کوبد، درواقع يک جريان ارتجاعي است که با اصل و هويت حوزة علميه قم بناي ناسازگاري دارد و مطابق اصول اين بحث، از جريان تکاملي حوزه فاصله گرفته و روندي ارتجاعي و گذشته‌گرا طي مي‌کند. آنان با جدایی دین از سیاست ـ درواقع ـ تيشه به ريشه خود مي‌زنند.